L'entreprise est issue de la séparation des activités de librairie et d'édition de l'ancienne maison Payot, l'activité d'édition de Payot étant regroupée avec les éditions Rivages dans le cadre de Payot & Rivages, elles-mêmes rachetées par le groupe Actes Sud en .
La société, légalement désignée comme Payot SA, du nom de son propriétaire Fritz Payot, a son siège à Lausanne[5], ville d'origine de l'entreprise Payot depuis 1875.
En plus des librairies, Payot SA gère une franchise Nature et Découvertes en Suisse, depuis son implantation dans le pays en 2009[3].
En 2014, le directeur des librairies Payot, Pascal Vandenberghe, rachète 75 % des parts[8] au Groupe Lagardère[6]. L'achat est rétroactif au [4]. En 2014, Payot est détenu à 75 % par Kairos holding SA (holding suisse détenue à 100% par Pascal Vandenberghe), à 20 % par Mercator (holding française présidée par le fondateur de Nature & Découvertes, François Lemarchand) et à 5 % par Jean-Marc Probst[4]. Les librairies Payot redeviennent ainsi une société indépendante suisse (à 80 %).
Magasins
La première librairie fut située à la rue de Bourg 1 à Lausanne. En 1913, un nouveau bâtiment fut construit au même endroit par l'architecte Alphonse Laverrière[9]. En , la libraire déménage à la place Pépinet 4, dans des locaux situés sur deux étages[10].
Payot SA possède également sept points de vente Nature & Découvertes (Fribourg, Lausanne, Neuchâtel, Sion, Vevey, Genève-Balexert et Genève centre), dont deux (Fribourg et Genève centre) sont intégrées dans la librairie Payot. Payot SA a également ouvert le une galerie YellowKorner à Lausanne, intégrée dans la librairie de Lausanne.
Carine Corajoud, La librairie, un univers en mutation : histoire de la librairie Payot (1877-1986), Lausanne, Éditions Antipodes, , 380 p. (ISBN978-2-88901-174-2).
