Keiji Inafune fonde Comcept peu de temps après son départ de chez Capcom en , où il « voudrait se consacrer à des types de jeux qu'il veut faire ». Après l'annulation de Mega Man Legends 3, dont il parle comme d'un « rêve en attente de longue date », il estime que « non seulement il s'abandonnait, mais il abandonnait les fans aussi ». Le studio est composé en grande partie du personnel qui a travaillé sur Mega Man, mais aussi de développeurs plus jeunes qui ont grandi avec la franchise.
À la PAX Prime 2013, Keiji Inafune tient un comité spécial dans le but de révéler un tout nouveau projet appelé Mighty No. 9, un successeur spirituel à Mega Man. À la fin de la réunion, Inafune lance officiellement la campagne Kickstarter du jeu. Après une campagne réussie, le jeu sort en juin 2016.
En 2017, Comcept a été racheté par Level-5 qui le renomme Level-5 Comcept.
