Le , le Congrès adopte une loi qui autorise l'achat de terrains pour des cimetières afin d'être utilisée « pour les soldats qui sont morts au service du pays ». En 1870, les restes de près de 300 000 morts de l'Union ont été enterrés dans 73 cimetières nationaux. La plupart des cimetières sont situés à proximité d'anciens champs de bataille ou de ce qui a été en temps de guerre des camps. Le cimetière national de fort Leavenworth est l'un des plus grands, sur 36,1 acres. Le cimetière de Leavenworth est également étroitement associé à la Western Branch National Military Home, « maison des anciens soldats » (maintenant le centre médical Eisenhower des affaires des anciens combattants) et devient un cimetière national en 1973[2].
En raison de la tradition militaire, le cimetière est à l'origine divisé en zones funéraires pour le personnel engagé et un espace séparé pour les officiers, mais, en 1858, les restes sont inhumés dans un seul site. Dans les années suivant la guerre de Sécession, les corps des soldats de l'Union de Kansas City, au Kansas et d'Independence, dans le Missouri, sont ré-inhumés dans le cimetière national à fort Leavenworth. En outre, le cimetière est utilisé comme lieu de sépulture pour les soldats qui ont servi sur des postes de la frontière au Nouveau-Mexique, en Arizona, au Colorado et au Wyoming. En 1870, il y a plus de 1 000 soldats de l'Union inhumés au fort Leavenworth, avec environ 170 civils et 7 prisonniers de guerre confédérés. Après les guerres indiennes, entre 1885 et 1907, de nombreux avant-postes de l'armée dans l'ouest sont abandonnés et près de 2 000 corps sont inhumés au fort Leavenworth.
