Le cimetière est créé en 1863, sur l'ordre du major général George Henry Thomas après les batailles de Chattanooga de la guerre de Sécession, comme lieu de l'inhumation des soldats uninistes tombés au combat. 75 acres (30,4 ha) de terrain sont initialement préemptés à deux propriétaires fonciers locaux, mais plus tard achetés. Il devient le cimetière national de Chattanooga en 1867. En 1870, plus de 12 000 inhumations ont été faites, dont la plupart sont inconnues. Les sépultures à proximité de nombreux champs de bataille sont également ré-inhumées à Chattanooga, dont près de 1 500 sépultures de la bataille de Chickamauga.
Au cours de la première guerre mondiale, plusieurs prisonniers de guerre allemands décédés en captivité sont enterrés dans le cimetière national de Chattanooga. Après la guerre, le gouvernement allemand a payé pour avoir d'autres prisonniers de guerre exhumés du cimetière national de Hot Springs et déplacés vers Chattanooga.
À l'origine, le site est prévu de fermer pour de nouvelles sépultures en 2015. Toutefois, en raison d'un récent projet d'extension qui va ajouter une capacité de plus de 5 000 inhumations, le cimetière est maintenant prévu pour être disponible pour des sépultures jusqu'en 2045.
Monuments notables
Une arche commémorative de 40' de hauteur, construite en 1868.
Maître sergent Ray E. Duc, pour l'action lors de la guerre de Corée. Aussi, récipiendaire de la version de la médaille d'honneur de la république de Corée (la médaille du mérite Taegug)
Caporal Desmond Doss, pour l'action lors de la seconde guerre mondiale, le premier objecteur de conscience récipiendaire de la médaille d'honneur.