Au siège de Genève que fit l'armée des Alpes, il commanda l'artillerie, et l'année suivante, devant Lyon, il dirigea les travaux de siège. Dans cette circonstance, il reçut une blessure assez grave, sans cependant nécessiter une cessation, même momentanée, de service.
En l'an II, il retourna à l'armée des Alpes, où le général Dumas le nomma sous-directeur des parcs. Kellermann, qui remplaça Dumas en l'an II, envoya le jeune Danthouard prendre la direction de la manufacture d'armes de Chambéry, et commander le dépôt d'artillerie de cette ville.
Le même général le choisit en l'an V pour son chef d'état-major, emploi qu'il quitta quelque temps après pour rejoindre l'armée d'Italie, à laquelle il servit jusqu'au traité de Campo-Formio le 26 vendémiaire an VI ().
Le 30 floréal suivant, il accompagna le général en chef Bonaparte en Égypte. De cette expédition date la fortune militaire de M. Danthouard. Il se distingua au siège de Malte et à la prise d'Alexandrie. Chargé de diriger les éclaireurs de l'aile droite de l'armée marchant sur Le Caire, il s'en acquitta avec beaucoup d'intelligence et de succès.
Sa conduite à la bataille des Pyramides lui mérita le grade de chef de bataillon, que le général en chef lui conféra le même jour. Lorsque l'armée eut pris possession du Caire, M. Danthouard devint directeur de l'artillerie de cette place. Attaché pendant la campagne de Syrie à la division du général Lannes, il déploya, aux sièges d'El-Arich, de Jaffaet de Saint-Jean-d'Acre, des talents de premier ordre.
Après la retraite, il fit partie d'un corps envoyé sur les côtes afin de s'opposer au débarquement des troupes turques. Un jour, suivi seulement de 50 hommes, il s'était écarté du centre de l'armée, 3 000 Arabes l'attaquèrent : ce ne fut qu'en faisant des prodiges de valeur que lui et 12 des soldats français parvinrent à se dégager.
Kléber le nomma, en messidor an VIII, chef de brigade et Menou, en l'an IX, lui confia la direction de l'artillerie et des parcs d'Alexandrie ; il la conserva pendant la durée du siège de cette place. L'arsenal et les magasins qu'il fit construire dans cette ville servaient encore au XIXe siècle à la marine de Méhémet-Ali.
Au retour en France des débris de l'armée d'Orient, au commencement de l'an X, M. Danthouard fut nommé colonel du 1er régiment d'artillerie à cheval le 1er frimaire. Il se rendit à l'armée d'Italie, que Murat commandait alors. Il se trouvait à Plaisance sous les ordres du général Jourdan, quand, le 19 frimaire an XII, le premier Consul le comprit dans la promotion de la Légion d'honneur de ce jour, et lorsque, le 25 prairial suivant, il le fit officier de l'ordre.
En l'an XII, ayant passé sous le commandement du vice-roi Eugène de Beauharnais, ce prince l'attacha à sa personne, le 17 prairial, en qualité de premier aide de camp, et lui confia, dans son cabinet particulier, le travail relatif aux armées de terre et de mer, aux écoles militaires, aux ponts et chaussées. C'est par son influence, et conformément à ses plans, que furent établis une école vétérinaire, un haras, une fonderie de canons, une manufacture d'armes. Nommé inspecteur des Pages, il forma pour eux une école d'instruction qui a fourni à l'armée des sujets excellents. Enfin, telle était l'estime que le vice-roi portait à M. Danthouard, qu'il le choisit pour l'accompagner à Munich, et assister à son mariage avec une princesse de Bavière.
Le , l'Empereur l'éleva au grade de général de brigade ; il le fit chevalier de la Couronne de fer à peu près vers la même époque. Napoléon Ier l'envoya, quelques mois plus tard, prendre possession de la Dalmatie, acquise à la France par le traité de Presbourg le ; il rédigea sur ce pays et sur ses communications avec la Turquie, un mémoire dont l'Empereur se montra satisfait. Il fit ensuite à la Grande Armée la campagne de 1807.
L'habileté avec laquelle il dirigea ses batteries au siège de Dantzig lui valut, le , la croix de commandeur de la Légion d'honneur, et d'être appelé auprès de Napoléon pour y remplir les fonctions d'aide-de-camp, mais le vice-roi ayant fait observer à l'Empereur qu'il lui était indispensable, il retourna à Milan.
En 1808, il inspecta les troupes des États romains, les licencia et les incorpora dans les corps du royaume d'Italie. Ensuite, il s'occupa de la réorganisation de l'armée et de l'amélioration des divers services. La guerre vint encore, en 1809, l'arracher à ses travaux.
Blessé pendant la retraite par un boulet qui lui enleva les chairs de la cuisse, on le plaça sur un mauvais cheval de cantinier et, privé de secours et souvent prêt à périr de faim et de froid, il atteignit la ville de Thorn, où régnaient des fièvres typhoïdes qui mirent ses jours en danger. La vigueur de sa constitution le sauva ; toutefois, il se trouva dans l'impossibilité d'accepter, l'année suivante, la direction des équipages de pont que l'Empereur lui avait conférée en remplacement du général Éblé. Quelques mois de séjour aux bains d'Albano ayant entièrement rétabli ses forces, il se rendit dans les provinces illyriennes, dont Napoléon l'avait nommé gouverneur général le . Mais l'Autriche s'étant déclarée contre la France, il prit le commandement de l'aile gauche de l'armée d'Italie ; et lorsque Murat, qui venait d'entrer dans la coalition, marcha sur Parme et Plaisance, le Vice-Roi donna le commandement de ces deux villes au général Danthouard, qui ne le conserva que peu de temps, les succès rapides de l'ennemi dans le Nord ayant fixé le sort de la Péninsule avant qu'il se fût passé rien de décisif dans le Midi de l'Europe.
À la chute de l'Empire, le général Danthouard adhéra aux résolutions du Sénat conservateur relatives à la déchéance de Napoléon et au rappel des Bourbons, se rendit à Paris, et fut chargé, en juillet, de l'inspection des places de Metz et de Mézières.
Le 8 du même mois, le roi le fit chevalier de Saint-Louis, et, le 29, grand officier de la Legion-d'Honneur. Au mois de mars 1815, il inspecta toutes les places de l'Est au nom de l'Empereur.
En 1816, il présida, le , le conseil de guerre devant lequel comparut le général Drouot, et fit partie, le , de celui qui jugea le général Delaborde ; mais il se trouva heureux d'avoir à prononcer l'acquittement du premier et de contribuer de tout son pouvoir à faire adopter par ses collègues le moyen qui sauva la tête du second.
Une ordonnance du , sur l'organisation de l'École polytechnique, permettant le renouvellement annuel des conseils de perfectionnement et d'inspection, il fut nommé, en mars 1820, membre de l'un et l'autre de ces conseils.
Le suivant, il entra au comité spécial et consultatif de l'artillerie pour la session de l'année. Deux ans après (), les électeurs de la Meuse l'envoyèrent à la Chambre des députés. Il siégea au centre gauche et ne se fit remarquer que dans les comités. Il ne fut pas réélu.
La révolution de Juillet 1830 obtint ses sympathies. Le , le nouveau roi le nomma membre de la commission chargée d'examiner la situation de l'École polytechnique, et de proposer les moyens convenables pour en améliorer l'organisation et les études.
Le , il reçut le grand cordon de la Légion d'honneur, et, le , il devint pair de France.
M. Danthouard, pendant la session de cette même année, prit souvent la parole. Dans la discussion relative au projet de loi sur l'avancement de l'armée, il proposa plusieurs amendements empreints d'un esprit de justice, et qui décelaient des connaissances profondes en matière d'organisation militaire. Aussi, le public accueillit-il avec faveur, en 1832, sa nomination de président du comité d'artillerie. Atteint, à cette époque, d'une maladie grave qui mit ses jours en danger, il ne reparut à la tribune de la Chambre des pairs que le , comme rapporteur de la commission chargée de l'examen d'une loi relative à l'acquisition, par voie d'échange, de la manufacture d'armes de Saint-Étienne.
Dans la séance du , il demanda, mais sans succès, une loi sur l'état-major de l'armée. À cette époque, n'étant âgé que de soixante-cinq ans, il fut maintenu dans le cadre d'activité, et, par ordonnance du , il entra dans la première section du cadre de l'état-major général de l'armée, où une ordonnance du le conserva, puisqu'il se trouvait dans la catégorie des officiers généraux ayant commandé en chef. Il a depuis été mis à la retraite.
Sert en Autriche (1809) et en Hongrie, sous les ordres du prince Eugène ; se trouva aux différents combats et aux batailles que livra cette armée, et se distingua particulièrement aux batailles de Raab et de Wagram ;
En Égypte, le chef de bataillon Danthouard, commandant 50 hommes, s'était écarté du centre de l'armée : 3 000 Arabes l'attaquèrent : ce ne fut qu'en faisant des prodiges de valeur que lui et 12 des soldats français parvinrent à se dégager ;
À Dantzig (1807), il se distingue par l’habilité avec laquelle il dirigea, de concert avec le général Lamartinière, les batteries dirigées contre cet important port fortifié.
Blessures
Il reçut une blessure assez grave durant le siège de Lyon, mais qui ne l’empêcha de poursuivre le service ;
Blessé de trois coups de feu, sur les côtes de l’Égypte, en 1799 ;
Reçoit un coup de feu à la bataille de Raab le et a la main fracassée ;
Blessé gravement d’un coup de boulet à la cuisse, lors de la funeste retraite de Moscou le .
Armes de Charles Nicolas d'Anthouard de Vraincourt sous l'Ancien Régime :
Coupé: au 1, d'azur, à la fasce d'argent, chargée de trois roses de gueules ; au 2, d'or, à trois écrevisses de gueules, posées en pals, rangées en fasce.[1]
Armes de Charles Nicolas d'Anthouard de Vraincourt, Comte de l'Empire :
Écartelé : au I, du quartier des comtes militaires de l'Empire ; au II, coupé : a) de gueules, b) d'azur à trois roses d’or rangées en fasce ; au III, d’or à la pyramide de sable, surmontée d’une étoile d’azur ; au IV, d’or à trois écrevisses de gueules posées en pal et rangées en fasce[2]. Toque de comte de l'Empire, insignes de Commandant de la Légion d’honneur et de commandeur de l’ordre de la Couronne de Fer
Armes de Charles Nicolas d'Anthouard de Vraincourt sous la monarchie de Juillet :
Écartelé : aux 1 et 4, d'or, à trois écrevisses de gueules, posées en pals, rangées en fasce ; au 2, coupé, de gueules plein, sur azur à trois roses rangées d'or; au 3, d'or, à une pyramide de sable, surmontée d'une étoile d'azur[1]. Couronne et manteau de comte-pair, insignes de grand-croix de la Légion d'honneur.