Traité de botanique à l'usage des aspirants au grade de licencié ès sciences naturelles et au grade d'agrégé des lycées pour les sciences naturelles (imprimerie de L. Danel, Lille, 1881), tiré des Archives botaniques du nord de la France. Texte disponible en ligne sur IRIS : Tome I
Archives botanique du Nord de la France. Disponible en ligne sur IRIS : Tome I (Imprimerie L. Danel, Lille. 1881), Tome II (Octave Doin, Paris. 1884), Tome III (Octave Doin, Paris. 1886)
Recherches sur les Tmésiptéridées (imprimerie de L. Danel, Lille, 1883). Texte disponible en ligne sur IRIS
Remarques sur le ″Lepipodendron hartcourtii″ de Witham (Travaux et mémoires des facultés de Lille, 1891). Texte disponible en ligne sur IRIS
Les charbons humiques et les charbons de purins (Travaux et mémoires des facultés de Lille, 1898). Disponible en ligne sur IRIS.
Étude sur quelques caractéristiques de la structure des filicinées actuelles (Travaux et mémoires des facultés de Lille, 1902). Texte disponible en ligne sur IRIS.
Les coprolithes de Bernissart (Imprimerie Polleunis & Ceuterick, Bruxelles, 1903).
Maurice Hovelacque : 24 septembre 1858 - 17 mai 1898 : Discours pronncés sur la tombe de Maurice Hovelacque le 20 mai 1898. (Le texte de Charles Eugène Bertrand est présent à côté de ceux d'Emmanuel de Margerie (1862 - 1953) et d'Ernest Van Den Broeck (1851 - 1932). Imprimerie Gauthier - Villars (Paris, 1898). Le texte disponible en ligne sur IRIS.
Il est le père du paléobotaniste Paul Bertrand (1879-1944).
Son épouse est Marie Hugonin, fondatrice en 1883 du lycée de jeunes filles d'Amiens.
Il est inhumé au cimetière de la Madelaine à Amiens.
Allen G. Debus (dir.) (1968). World Who’s Who in Science. A Biographical Dictionary of Notable Scientists from Antiquity to the Present. Marquis-Who’s Who (Chicago) : xvi + 1855 p.
Notice sur les travaux scientifiques de Charles-Eugène Bertrand (1887)
F. Morvillez, Charles-Eugène Bertrand : Correspondant de l'Institut, Professeur de Botanique à la Faculté des Sciences de Lille (1851-1917), Amiens, 1918, 55 p.
Charles BarroisL'œuvre géologique de Charles-Eugène Bertrand (1920)