Fils d'un receveur de l'Enregistrement, il entre à l'École navale en et en sort aspirant de 2e classe en . Il sert alors sur le vaisseau-école Jean Bart puis devient aspirant de 1re classe en et embarque sur la frégate cuirassée Gloire avant de passer en sur la Circé à la division du Brésil et de La Plata comme aspirant de majorité.
Sur le croiseurVolta en , il effectue une campagne de plus de deux années dans les mers de Chine et dans l'Océan Pacifique et mérite alors deux témoignages de satisfaction pour les secours qu'il a apportés à une canonnièrebritannique en feu ainsi que pour la qualité de sa tenue des journaux de bord.
Il sert à l’École des défenses sous-marines de Boyardville en avril 1879 puis commande en le torpilleur no 1 à Cherbourg où il reste de à comme officier torpilleur adjoint au commandant de la défense fixe.
Il embarque en sur la Loire puis commande en l'aviso à roues Ardent à la station du Sénégal et obtient un nouveau témoignage de satisfaction pour avoir dirigé avec succès la pacification des régions du Rio Nunez.
En , il commande le torpilleur 55 à la défense mobile de Cherbourg puis le torpilleur Doudart-de-Lagrée à la division d'expériences des torpilleurs de Toulon (). Il sert en sur la Bombe en Méditerranée puis est le commandant de la Dragonne () à bord de laquelle il mène des recherches sur les chaudières qui lui donnent de nouveau un témoignage de satisfaction ().
Capitaine de frégate (), commandant de la défense fixe à Cherbourg (), sous-directeur des défenses sous-marines (), il commande en le croiseur Davout en Méditerranée.
Aide de camp du major général à Cherbourg (), il devient en , commandant du croiseur Troude en escadre de Méditerranée. Capitaine de vaisseau (), adjoint au major général à Cherbourg (), il supervise l'achèvement du croiseur Châteaurenault à partir d' et en prend le commandement.
Il est à nouveau adjoint à la majorité de Cherbourg en mars 1901 puis commande en le cuirassé Jauréguiberry en Méditerranée et en novembre la Tempête et la division navale de Tunisie et est promu contre-amiral en .
Organisateur de la base de Bizerte, il est chef d'état-major général de la marine de à . Vice-amiral (), il commande en la 2e escadre en Méditerranée avec pavillon sur le Saint-Louis puis passe en , au commandement de la 3e escadre.
Inspecteur des écoles, à nouveau chef d'état-major général de à , il prend sa retraite en janvier 1913 mais est rappelé au service en à l'état-major général. Épuisé, il meurt six mois plus tard à Paris.
La décision d'attribuer au vice-amiral Aubert la mention « Mort pour la France » fut prise en 1930, lors de l'érection aux Invalides d'un monument à la mémoire des officiers généraux morts pendant la guerre[1].
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