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En 1580, vers l'âge de dix ans, elle est reçue comme novice à l'abbaye Saint-Louis de Poissy. Elle devient la maîtresse d'Henri III, tout comme sa mère quelques années auparavant. Sa liaison avec le roi est connue par la correspondance d'ambassadeurs à la cour du roi en 1585. Le de la même année, le roi Henri III demande dans une lettre au marquis de Pisani, ambassadeur à Rome de lui obtenir auprès du nouveau pape Sixte V, l'abbaye de Maubuisson, mais le pape la trouve trop jeune et lui accorde l'abbaye Sainte-Marie de Berteaucourt[2]. Elle en devient abbesse de 1586 à 1610, succédant à Antoinette Charlotte de Halluin[3],[4].
En 1589, sa mère Françoise Babou quitte le domicile conjugal pour suivre son amant Yves d'Allègre à Issoire où il vient d'être nommé gouverneur. Le , sa mère, est assassinée à Issoire, dans une émeute pendant la guerre de la Ligue, ainsi que son amant[5].
En 1594, le roi Henri IV lui obtient l'abbaye de Maubuisson, ce qui lui permet de venir voir sa maîtresse Gabrielle d'Estrées, celle-ci logeant à l'abbaye de sa sœur. Elle est pourvue la même année que Philippe Hurault de Cheverny (1579-1620, fils de l'amant homonyme de sa tante Isabeau de Babou, Philippe Hurault de Cheverny), l'est de l'abbaye de Royaumont[6], distante l'une de l'autre d'une trentaine de kilomètres. Avec l'élargissement du régime de la commende, elle est nommée à la tête de l'abbaye du Puits d'Orbe.
Le , Jacqueline Marie Angélique Arnauld, âgée de 7 ans, prend l'habit de novice de Cîteaux à l'abbaye. Pour faire son noviciat, elle est transférée le de Port-Royal à Maubuisson. Elle y est élevée librement et trouve aux côtés d'Angélique d'Estrées une forme d'amour maternel. À sa confirmation, le de la même année, elle prend le nom d'Angélique, en hommage probable à l'abbesse Angélique d'Estrées. Une fraude de son père sur son âge lui fait obtenir de Rome les bulles nécessaires pour devenir abbesse, alors qu'elle n'a que onze ans. Le , après la mort de Jeanne de Boulehart dont elle était la coadjutrice, elle quitte l'abbaye pour prendre la direction de l'abbaye de Port-Royal. Les deux femmes seront appelées à se retrouver quelques années plus tard, dans des circonstances plus douloureuses.
Le la mère Angélique Arnauld est bénie à son abbaye de Port-Royal-des-Champs ; parmi les assistants à la cérémonie se trouvent Angélique d'Estrées, Mme de Portes (abbesse de l'abbaye de Saint-Cyr), ainsi que Françoise I de Miée de Guespré (abbesse de l'abbaye Notre-Dame du Val-de-Gif)[7].
Elle mécontenta son cousin le cardinal François d'Escoubleau de Sourdis (1574-1628), en ayant fait vers 1600 épouser à sa sœur Françoise, alors novice à Maubuisson, le comte Charles de Sançay, sans le consentement de ses parents.
À l’avènement de Louis XIII, la vie particulièrement dissolue à Maubuisson fait scandale à la cour et en 1617, le souverain demande à l'abbé général de Cîteaux, Nicolas II Boucherat, d'y remédier, lequel envoya quelques-uns de ses religieux pour rappeler à l'ordre la supérieure. Celle-ci les fit enfermer, puis les renvoya en leur promettant des réformes. N'obtenant rien de l'abbesse, l'abbé général envoya de nouveaux émissaires qu'elle incarcéra dans une des tours de l'abbaye. Les émissaires s'échappèrent et rejoignirent leur couvent. L'abbé général demanda à la cour une commission pour enlever l'abbesse et de l'enfermer aux filles pénitentes de Paris que dirige la mère supérieure Marie Alvequin[8]. L'ordre fut exécuté le par le prévost de l'Isle Jean de Fontis et ses archers qui durent emporter Angélique d'Estrées, remplacée par son ancienne condisciple Angélique Arnauld[9].
Le , Angélique d'Estrées s'évade de sa prison et retourne à Maubuisson avec la complicité de son beau-frère Charles de Sanzay et d'autres gentilshommes. Reprise à Maubuisson, elle est enfermée au Châtelet d'où elle sortit pour mourir dans une petite maison du faubourg, dans le plus grand dénuement[10].
Marguerite d'Estrées (1565-1590), mariée à Gabriel Bournel.
Angélique d'Estrées, née vers 1570, meurt à Paris en 1634[18] et est inhumée au couvent des Clarisses à Paris[19].
Gabrielle d'Estrées (1571-1599), mariée à Nicolas d'Amerval, séparé, maîtresse d'Henri IV. Inhumée dans le chœur de l'église de l'abbaye de Maubuisson.
↑A. Declozeaux, Gabrielle d'Estrées, Paris, 1899, pp. 4-7.
↑Monument funéraire d'Antoinette de Halluin de l'église paroissiale Saint-Nicolas de Berteaucourt-les-Dames (Inventaire général du patrimoine culturel régional des Hauts-de-France[réf. incomplète]).
↑Roger Archaud, Yves d'Alègre, marquis d'Auvergne, Éditions du Roure, 2006, 224 p. (ISBN2906278 610), dit qu'ils furent poignardés et jetés dans un puits.
↑Fils de Philippe Hurault de Cheverny, garde des sceaux de Franc, parent de son prédécesseur de par sa grand-mère paternelle, Marie de Beaune, fille de Jacques, baron de Semblançay (Histoire de Royaumont, Tome second, op. cit., p. 159).
↑Angélique de Saint-Jean Arnauld d'Andilly, dans sa Relations sur la vie de la révérende mère Angélique de Sainte Magdeleine et les Mémoires de la mère Marie-Angélique Arnauld, et sur les commencemens de la réforme de Port-Royal, écrites quelques décennies après les événements parle de Mme Carnazet, abbesse de Gif, mais celle-ci est morte en 1584 et ne pouvait donc pas être présente en 1602 (Alexandre Pirry, Lettres spirituelles 1683-1686, Grenoble, Éditions Jérôme Millon, 2000, pp. 287-288.
↑La capitulation après le siège de Laon eut lieu le 22 juillet 1594.
↑Jean Julg, Les Évêques dans l'histoire de la France : des origines à nos jours, Éditions Pierre Téqui, 2004, p. 211 (en ligne).
↑[PDF] Suzanne Martinet, Le Siège de Laon sous Henri IV - 1594 (en ligne).
↑Elle n'est pas mentionnée dans la généalogie de Pierre et Louis Scévole de Sainte-Marthe, Histoire généalogique de la Maison de France…, Paris, 1628, 2.tomes, vol.2., p.256. Pierre de Guibours ne donne pas de date et dit qu'elle est morte jeune.
↑Angélique de Saint-Jean Arnauld d'Andilly, Relations sur la vie de la révérende mère Angélique de Saint-Jean Arnauld d'Andilly ou recueil de la mère Angélique de Saint-Jean Arnauld d'Andilly sur la vie de sa tante, Mémoires sur la vie de Marie Angélique Arnauld et sur les commencements de la réforme de Port-Royal, Maubuisson et autres, 1737.