Alfafar fait partie de la comarque historique de l'Horta de Valence et s'étend sur 10,10 km2 dans la banlieue méridionale de Valence. Au sud, une partie de son territoire est inclus dans la réserve naturelle d'Albufera.
Aux temps antiques, la Via Augusta passait à proximité de la ville actuelle, et a probablement donné lieu à la construction d'un petit village d'agriculteurs et de pêcheurs en raison de la proximité avec la lagune de l'Albufera[2].
Le centre de population actuel est issu d'une ferme andalouse appelée Alfolfar, toponyme pouvant signifier « poterie » (alfarería en espagnol) ou « endroit profond. » Cette population est attestée dès le IXe siècle ou Xe siècle, grâce à la découverte de céramiques retrouvées dans plusieurs fosses de la place du Pays de Valence[2].
En 1238, le roi Jacques Ier d'Aragon prend possession de la ville, d'après les premières donations enregistrée dans le Llibre del Repartiment. En , le roi Pierre IV d'Aragon a donné l'ensemble des terres à Pere Boïl, et élevant le domaine au rang de seigneurie le . Cette famille resta en possession du domaine jusqu'à l'abolition des seigneuries en 1812.