Vuonna 1991 Kekkonen siirtyi Teknologian kehittämiskeskukseen, Tekesiin, ja vuosina 1994–1996 hän työskenteli Brysselissä Suomen EU-edustustossa vastuualueenaan eurooppalainen tutkimuspolitiikka. Vuodesta 1996 Kekkonen työskenteli kauppa- ja teollisuusministeriössä. Aluksi hän oli vastuussa kansainvälisen teknologiapolitiikan alueesta ja työskenteli vuoden 1999 alusta ministeriön teknologiaosaston osastopäällikkönä.lähde?