Edellisen pelin tavoin Turtlesien täytyy pelastaa April Silppurin ja Krangin metkuilta. Jokaisella Turtlesilla on omat erikoisuutensa, kuten Donatello jolla on ulottuvin hyökkäys, mutta hitain. Puolestaan Rafaello on hyökkäyksissään nopeampi, mutta ulottuvuudeltaan lyhyt hyökkäyksinen. Leonardo ja Michelangelo ovat edellisiin verrattuna tasapainoisempia taitojen suhteen.
Pelissä on kuusi tasoa eli yksi enemmän kuin edellisessä pelissä. Pelin aikana voi pelata kaikilla Turtleseilla, mutta mikäli pelaaja joutuu vangituksi tai kuolee tietyllä Turtlesilla sillä ei voi enää pelata. Vangituksi tulleen Turtlesin voi kuitenkin pelastaa, mikäli läpäisee pelatun tason läpi. Jos pelaaja ei menetä yhtään Turtlesia, hän pääsee pelaamaan bonuskenttää.
