Lääkintävarikon tehtävänä on hankkia, varastoida ja jakaa joukoille terveydenhuollossa tarvittava materiaali. Sotilasapteekki hankkii, varastoi ja toimittaa Puolustusvoimien ja Rajavartiolaitoksen joukoille lääkkeitä ja apteekkialan tarvikkeita. Ilmailulääketieteen keskus toimii Helsingin yliopistonMeilahden kampuksella ja Sukelluslääketieteen keskus Rannikkoprikaatissa.
Keskuksen osia toimi vuoteen 2015 asti myös Ilmajoella, jossa on vuodesta 1949 toiminut aikaisemmin itsenäinen joukko-osasto Lääkintävarikko (LÄÄKV), ja Viitasaarella, jossa puolestaan on toiminut aikaisemmin itsenäinen Sotilasapteekki (SApt).
Johtajat
Keskuksen johtajana ovat olleet:
lääkintämajuri Markus Henriksson 2006–2007[2]
lääkintäeversti Ari Peitso 2007 – 30.4.2010
lääkintäeversti Simo Siitonen 1.5.2010 – 31.10.2011
lääkintäeversti Jouko Peltomaa 1.11.2011 – 31.12.2018
lääkintäeverstiluutnantti Kari Kesseli 1.1.2019 – 31.12.2022
lääkintäeverstiluutnantti Ilkka Laaksi 1.1.2023–