Nukleiinihappotesti

COVID-19-sairautta testaavan RT-qPCR-levyn valmistelua. COVID-19-PCR-testit ovat nukleiinihappotestejä.

Nukleiinihappotesti (lyh. NAT, engl. nucleic acid test) eli nukleiinihappomonistustesti (lyh. NAAT, engl. nucleic acid amplification test) eli nukleiinihapon osoitus[1] on diagnostinen menetelmä, jossa tutkimuskohteena on geneettinen materiaali eli nukleiinihapot DNA ja RNA. Nukleiinihappotesteillä voidaan tunnistaa tartuntatauteja, syöpiä, perinnöllisiä sairauksia ja mitokondriotauteja. Niitä voidaan hyödyntää myös yksilöllistetyssä lääketieteessä yhdessä farmakogenetiikan kanssa.[2]

Yleensä nukleiinihappotestien tavoitteena on löytää tietylle patogeenille tai sairaudelle tyypillinen nukleiinihapposekvenssi. Testit perustuvat fluoresenssiin, kemiluminesenssiin tai kolorimetriaan. Niissä hyödynnetään esimerkiksi polymeraasiketjureaktiota (PCR) tai isotermisiä menetelmiä LAMP, NASBA, HDA ja RPA.[3]

Käyttökohteita

Tartuntataudit

Nukleiinihappotestejä käytetään tartuntatautien diagnosointiin etsimällä näytteestä tartunnan aiheuttajaksi epäillyn patogeenin perimää. Menetelmä on nopeampi ja luotettavampi kuin soluviljely tai immunologiset tutkimusmenetelmät, joita on käytetty aiemmin.[2] PCR-pohjaiset testit ovat tartuntatautitutkimuksessa tehokkaita alueilla, joissa terveydenhuoltojärjestelmä on toimiva. Kehitysmaissa ja muilla huonon infrastruktuurin alueilla käytännöllisempiä ovat vieritestaukseen soveltuvat nukleiinihappojen isotermiseen monistukseen perustuvat testit.[3]

HIV

Katso myös: HIV-testi

Immuunipuutostauti AIDSia aiheuttavan HI-viruksen diagnosointia geneettisen materiaalin monistukseen perustuvien menetelmien avulla on kehitelty 1980-luvun lopulta lähtien. Testauksessa pääosin käytettäviä menetelmiä ovat PCR, TMA, NASBA ja branched DNA -menetelmä. Akuutin HIV-infektion diagnosoinnissa HIV-1-viruksen havaitseva nukleiinihappotesti oli vuonna 2019 saatavilla olleista testeistä herkin.[4]

Veren tutkimus

Vuodesta 1997 alkaen nukleiinihappotestejä on käytetty luovutetun veren seulonnassa, jolla on tarkoitus ehkäistä verensiirtojen välityksellä tarttuvien tautien leviämistä. Vuonna 1999 Euroopan unioni alkoi vaatia, että kaikki sen alueelle myytävä veriplasma tai sen johdannaiset oli testattava nukleiinihappotesteillä hepatiitti C -viruksen varalta. Vaatimus johti luovutetun veren NAT-testauksen kehittymiseen ja käyttöönottoon myös muissa maissa. Nukleiinihappotestit ovat saastuneen veren havaitsemisessa huomattavasti tehokkaampia kuin aiemmin käytetyt serologiset testit. C-hepatiittiviruksen lisäksi niillä voidaan tunnistaa myös esimerkiksi hepatiittivirus B, HI-virus ja Länsi-Niilin virus.[2]

SARS-CoV-2

Katso myös: COVID-19-näytteenotto

Vuonna 2019 alkaneen koronaviruspandemian aikana nukleiinihappotestejä on käytetty SARS-CoV-2-viruksen aiheuttaman aktiivisen COVID-19-hengitystieinfektion diagnosointiin. Testien kohteena ovat viruksen nukleokapsidia (N), vaippaa (E) ja spike-glykoproteiinia (S) sekä RNA-replikaasia (RdRp) koodaavat geenit. RT-qPCR-menetelmään perustuva testi on ollut suosituin testivaihtoehto, mutta myös LAMP- ja CRISPR-pohjaisia menetelmiä on kehitetty. Nukleiinihappotestit ovat olleet saatavilla olevista testityypeistä tehokkaimpia, mutta ne eivät aina sovellu heikommin kehittyneille alueille.[5] Maailman terveysjärjestö on kuitenkin suositellut niitä ensisijaiseksi vaihtoehdoksi sairauden diagnosointiin.[6]

Syövät

Nukleiinihappotesteillä voidaan paitsi havaita myös ennaltaehkäistä syöpiä. Testeillä on mahdollista tunnistaa syöpiin liittyviä geneettisiä muutoksia, tutkia henkilön alttiuta erilaisille syöville ja löytää paras tapa niiden hoitoon.[2]

Lähteet

  1. ↑ Nukleiinihapon osoitus Duodecim Terveyskirjasto. Kustannus Oy Duodecim. Viitattu 27.10.2021.
  2. ↑ a b c d Chandra, Rajasri: Applications of nucleic acid testing in diagnosis and therapy Medical Laboratory Observer. 24.5.2016. Endeavor Business Media. Viitattu 27.10.2021. (englanniksi)
  3. ↑ a b Maffert, P.; Reverchon, Sylvie; Nasser, William; Rozand, C.; Abaibou, H.: New nucleic acid testing devices to diagnose infectious diseases in resource-limited settings. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 2017, 36. vsk, nro 3. doi:10.1007/s10096-017-3013-9 Artikkelin verkkoversio. Viitattu 28.10.2021. (englanniksi)
  4. ↑ Zhao, Junpeng; Chang, Le; Wang, Lunan: Nucleic acid testing and molecular characterization of HIV infections. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 2019, 38. vsk, s. 829–842. Springer Science+Business Media. PubMed:30798399 doi:10.1007/s10096-019-03515-0 (englanniksi)
  5. ↑ Lai, Christopher K. C.; Lam, Wilson: Laboratory testing for the diagnosis of COVID-19. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2021, 538. vsk, s. 226–230. Elsevier. PubMed:33139015 doi:10.1016/j.bbrc.2020.10.069 (englanniksi)
  6. ↑ Recommendations for national SARS-CoV-2 testing strategies and diagnostic capacities 25.6.2021. World Health Organization. Viitattu 1.11.2021. (englanniksi)
Tämä lääketieteeseen liittyvä artikkeli on tynkä. Voit auttaa Wikipediaa laajentamalla artikkelia.