Niinivesi on luode–kaakkosuuntainen (mannerjään kulkusuunnan mukainen), yli 35 km pitkä ja varsin kapea järvi. Sen pohjoinen osa, ns. Pohjois-Niinivesi on käytännössä hyvin pitkulainen lahti, jonka pituus on lähes 20 km ja leveys vain hieman yli kilometrin. Etelämmäs tultaessa järvi levenee varsinaiseksi Niiniveden seläksi. Saaria on eniten järven keskiosissa, suurimmat niistä ovat eteläinen Kotasaari ja keskiosan Papinsaari. Suurimpia järveen työntyviä niemiä ovat Västinniemi ja Kerkonniemi sekä Pohjois-Niiniveden Kuorniemi. Idässä laaja Saikarinniemi erottaa Niiniveden Iisvedestä. Rantaviivaa järvellä on 196 km.[2][4]
Niiniveden vedenlaatu on yleisen käyttökelpoisuusluokituksen mukaan erinomainen. Järvi on melko karu ja kirkasvetinen[4].
