Niihama kehittyi Edo-kaudelta 1600-luvun lopulta lähtien Besshin kuparikaivoksessa tuotetun kuparin kauppasatamana. Meiji-restauraation jälkeen kaivoksen tuotanto kasvoi voimakkaasti, ja Niihamaan kehittyi Sumitomon johdolla kuparinjalostus- sekä metalli-, kemian- ja koneteollisuutta. Besshin kaivos suljettiin vuonna 1973, mutta Seton sisämeren rannikon täyttömaa-alueilla toimii edelleen Sumitomon hallinnassa olevaa raskasta teollisuutta ja teollisuussatama. Kaupunkioikeudet Niihamalle myönnettiin vuonna 1937, minkä jälkeen se on kasvanut lukuisten kuntaliitosten kautta.[4][5]
