Mäkihypyn maailmancup 1999–2000 käsitti 27 osakilpailua, joista yksi peruttiin. Ensimmäinen osakilpailu pidettiin Kuopiossa Suomessa 27. marraskuuta 1999 ja viimeinen osakilpailu Planicassa Sloveniassa 19. maaliskuuta 2000.

Sijoitus	Hyppääjä	Maa	Pisteet
1.	Martin Schmitt	Saksa	1833
2.	Andreas Widhölzl	Itävalta	1452
3.	Janne Ahonen	Suomi	1437
4.	Sven Hannawald	Saksa	1065
5.	Andreas Goldberger	Itävalta	1034
6.	Ville Kantee	Suomi	836
7.	Jani Soininen	Suomi	734
8.	Stefan Horngacher	Itävalta	624
8.	Risto Jussilainen	Suomi	624
10.	Hideharu Miyahira	Japani	567

• 3. Janne Ahonen 1437 – 2 voittoa, 8 kakkossijaa, 6 kolmossijaa
• 6. Ville Kantee 836 – 1 voitto, 2 kakkossijaa, 1 kolmossija
• 7. Jani Soininen 734 – 1 voitto, 2 kakkossijaa
• 8. Risto Jussilainen 624 – 1 kakkossija, 2 kolmossijaa
• 17. Matti Hautamäki 341 – 1 kolmossija
• 25. Mika Laitinen 232
• 26. Jussi Hautamäki 230
• 37. Tami Kiuru 93
• 39. Pekka Salminen 81

• Tulokset FIS:n sivulla (Arkistoitu – Internet Archive)