Espanjalaiset valtasivat kaupungin 1497 ja ovat hallinneet sitä siitä lähtien. Kaupunki on kuitenkin joutunut useaan otteeseen historiansa aikana Rif-vuorten heimoarmeijoiden ja Marokon sulttaanien hyökkäysten kohteeksi. Vasta 1780 solmitussa Aranjuezin sopimuksessa Marokko hyväksyi Espanjan herruuden Melillassa.
Espanjan sisällissodan alussa 1936 Melilla oli ensimmäinen kaupunki, jossa oikeisto nousi kapinaan hallitusta vastaan.
Maaliskuussa 1983 Marokko julisti Ceutan ja Melillan saartoon. Taloudellinen yhteistyösopimus Marokon ja Espanjan välillä 1988 paransi kuitenkin suhteita.
Vuonna 1998 espanjalaiset rakensivat kaupungin ympärille 20 kilometriä pitkän raja-aidan estämään laitonta maahanmuuttoa.[5]
Vuonna 2019 kaupungin asukkaista muslimeja oli lähes 45 000, mikä tarkoittaa noin 52 prosenttia väkiluvusta. Suurin osa heistä on kansalaisuudeltaan espanjalaisia.[6]
Talous
Melilla oli vapaasatama ennen liittymistään EU:hun.
Liikenne
Melillalla on lentoasema (IATA: MLN, OACI: GEML), josta lähtee lentoja muualle Espanjaan. Manner-Espanjaan on myös laivayhteys. Marokon puolelle pääsee rajanylityspaikkojen kautta.