Novak liittyi silloisen Slovenian kristillisdemokraattisen puolueen (SKD) jäseneksi 1990-luvulla ja siirtyi vuonna 2000 uuteen Uusi Slovenia – Kristillisdemokraatit -puolueeseen (NSi). Hän toimi poliittisen uransa alussa vuosina 2001–2004 Moravčen kunnan pormestarina. Ennen uraa politiikassa hän työskenteli sloveenin ja saksan kielen opettajana.[1]
Novak tuli valituksi Euroopan parlamentin jäseneksi vuoden 2004 vaaleissa.[1] Hän oli ensimmäisellä europarlamenttikaudellaan 2004–2009 kulttuuri- ja koulutusvaliokunnan jäsen.[2] Marraskuussa 2008 hänet valittiin puolueensa puheenjohtajaksi.[3] Aiemmin samana syksynä puolue oli menettänyt vaaleissa kaikki paikkansa Slovenian parlamentissa, kansalliskokouksessa.[4] Vuoden 2011 vaaleissa puolue onnistui Novakin johdolla palaamaan parlamenttiin.[1]
Novakista tuli joulukuussa 2011, pian vaalien jälkeen, Slovenian kansalliskokouksen varapuheenjohtaja. Helmikuussa 2012 hän siirtyi Janez Janšan johtaman hallituksen varapääministeriksi ja ulkomaan sloveeniasioista vastaavaksi ministeriksi.[1] Pääministeri Janša joutui eroamaan tehtävästään helmikuussa 2013 kansalliskokouksen antaman epäluottamuslauseen myötä.[5] Hallituksen kaatumisen jälkeen Novak jatkoi kansalliskokouksen jäsenenä.[1]
Novak oli vuonna 2017 ehdokkaana Slovenian presidentinvaalissa. Hän sai 7,24 prosenttia vaalin ensimmäisellä kierroksella annetuista äänistä.[1] Hän jatkoi puolueensa puheenjohtajana tammikuuhun 2018 saakka, jolloin ilmoitti eroavansa tehtävästä. Novakin seuraajaksi valittiin Matej Tonin.[6]