Šubnikov työskenteli Neuvostoliitossa ja Alankomaissa. Alankomaissa hän työskenteli vuoteen 1930 de Haasin kryogeenisessa laboratoriossa. Palattuaan Neuvostoliittoon hän muutti Harkovaan ja perusti sinne Neuvostoliiton ensimmäisen kryogeenisen laboratorion.
Šubnikov teloitettiin häntä ja muita Ukrainan fysiikan ja teknologian instituutin tieteilijöitä vastaan tekaistujen syytteiden nojalla.