Puolan maajoukkueen Beenhakker luotsasi EM-kisoihin 2008. Puola pelasi samassa alkulohkossa toisen isäntämaan Itävallan, mestarisuosikki Saksan ja Kroatian kanssa. Lopputurnaus meni Beenhakkerin suojateilta kuitenkin penkin alle. Joukkue ei voittanut ainoatakaan ottelua ja sai ainoan pisteensä 1–1 tasapelillä Itävaltaa vastaan.
Beenhakker sai potkut Puolan maajoukkueen peräsimestä kesken 2010 MM-karsintoja. Puola menetti mahdollisuutensa MM-kisoihin, kun se hävisi Slovenialle syyskuussa 2009. Puolan jalkapalloliitto ilmoitti tämän jälkeen, että Beenhakker on erotettu maajoukkueen valmentajan tehtävistä.[1]
Toukokuussa 2010 Beenhakker palkittiin Rinus Michels Oeuvre -palkinnolla elämäntyöstään jalkapallossa. [2]
Lokakuussa 2010 Beenhakker teki kesään 2011 ulottuvan sopimuksen Feyenoordin teknisen johtajan tehtävistä. [3] Kaudella 2010/11 Feyenoordin tulokset olivat surkeita ja seura hävisi muun muassa PSV Eindhovenille lokakuussa 0–10. Tammikuun lopulla seura purki Beenhakkerin sopimuksen. [4]
Heinäkuussa 2011 Beenhakkerista teki kolmivuotisen sopimuksen unkarilaisseuraÚjpestin urheilutoimenjohtajan tehtävästä. [5] Hän joutui jättämään seuran jo lokakuussa 2011 omistajavaihdoksen vuoksi.