Komatsushima oli muinoin Kioton Komatsun kylässä sijaitsevan Ninna-jin buddhalaisen temppelin kartanon aluetta, minkä vuoksi paikkakunta nimettiin kylän mukaan. Edo-kaudella sieltä vietiin indigoväriäEdoon ja Osakaan. Vuonna 1913 valmistui Tokushimaan johtava rautatie, ja myöhemmin 1920-luvulla Komatsushimaan perustettiin kehräämö, minkä myötä sinne alkoi kehittyä teollisuutta. Kaupungin satamaa laajennettiin vähitellen 1930–1950-luvuilla, ja vuonna 1964 se yhdistyi Tokushiman sataman kanssa. Nykyisin se tunnetaan Tokushiman-Komatsushiman satamana ja vuodesta 2011 sieltä on ollut säännöllistä konttiliikennettä Etelä-KoreanBusaniin. Kaupunkioikeudet Komatsushimalle myönnettiin vuonna 1951 kuntaliitoksen yhteydessä. 1960-luvulta lähtien kaupunkiin on sijoittunut esimerkiksi ruokaöljyä, paperia, ilotulitteita ja tekokuituja valmistavaa teollisuutta. Myös kalastus ja kalatuotteiden valmistus ovat merkittäviä elinkeinoja. Kaupunkiin kuuluvilla maaseutualueilla viljellään muun muassa bambunversoja ja Myrica rubra -puun hedelmiä (yamamomo).[4][5]
