Lepsius johti Egyptiin, Nubiaan, Siinaille, Faijumin keitaalle ja Sudaniin vuonna 1842 lähtenyttä retkikuntaa. Rahoittajana toimi Preussin kuningas Fredrik Vilhelm IV. Retkikunnan pääasiallisena tavoitteen oli tutkia Niilin laakson muinaisia monumentteja ja laatia niiden sisältämistä kirjoituksista tarkat kopiot. Retkikunta keräsi yli 15 000 esinettä Berliiniin lähetettäväksi. Lisäksi Lepsius laati karttoja ja pohjapiirustuksia useista haudoista ja monumenteista ja kopioi useita tekstejä. Talvella 1844–1845 retkikunta tutki myös lähes kaikki Kuninkaiden laakson siihen aikaan tunnetuista haudoista ja kopioi niistä useita tekstejä. Retkikunta myös tyhjensi ja tutki vielä osittain raivaamattomia hautoja, muun muassa Ramses II:n (KV7), Merenptahin (KV8) ja Hatsepsutin (KV20) haudat. Seti I:n haudan katosta kopioidut tähtikartat osoittautuivat tähtitieteellisesti tarkoiksi. Retkikunnan tutkimusten tulokset julkaistiin kahtenatoista valtavana kirjana.
Vuonna 1866 Lepsius matkusti takaisin Egyptiin. Hän löysi Taniksesta kivilaatan (Taniksen kivi), johon oli kaiverrettu sama teksti – Kanopuksen dekreettinä tunnettu faaraon käskykirje – kreikan kielellä, demoottisilla kirjaimilla sekä hieroglyfein.[2] Tätä laattaa käytettiin muinaisegyptin hieroglyfien tutkimuksessa ja avaamisessa esimerkiksi tarkistettaessa Rosettan kivestä tulkittua käännöstä. Palattuaan Saksaan Lepsius sai viran Berliinin kuninkaallisessa kirjastossa.
↑Salonen, Lippo & Salonen, Sirkka (suom.) & Väänänen, Juha (toim.): ”Lepsius, Karl”, Kuka teki mitä, Kuvitettu elämäkerrallinen hakuteos, s. 153. (Alkuteos Howat, Gerald & Wallis, Frank (toim.): Who Did What? Mitchell Beazley Illustrated Biographical Dictionary. Mitchell Beazley 1985) Suuri Suomalainen Kirjakerho, 1986. ISBN 951-643-251-4
↑Marjo T. Nurminen, Tiedon tyttäret, Werner Söderström Osakeyhtiö, (ISBN978-951-0-31824-9, viitattu 5. huhtikuuta 2019), Taniksen kivi mainitaan Berenike II:ta koskevassa kappaleessa, sillä kivi on Ptolemaios III:n ja Berenike II:n valtakaudelta. , s. 407