Fischer ei koskaan suorittanut lukiota loppuun. Vuonna 1966 hän keskeytti myös valokuvaajan opintonsa. Vuodesta 1967 alkaen Fischer toimi vasemmisto-opiskelijaliikkeessä. Seuraavana vuonna hän muutti Frankfurt am Mainiin, missä hän elätti itsensä pätkätöillä ja kävi samalla kuuntelemassa Theodor Adornon, Jürgen Habermasin ja Oskar Negtin luentoja olematta varsinaisesti kirjoilla opiskelijana. Hän perehtyi oma-aloitteisesti kattavasti myös Karl Marxin, Mao Zedongin ja Georg Wilhelm Friedrich Hegelin tuotantoon.
Vuoteen 1975 saakka Fischer oli vasemmistoradikaalin militanttiryhmän Vallankumouksellinen taistelu (Revolutionärer Kampf) jäsen. Tuolloin hän osallistui useisiin kahakoihin poliiseja vastaan. 14. heinäkuuta 1976 Fischer pidätettiin Ulrike Meinhofin kuoleman johdosta järjestetyn mielenosoituksen yhteydessä. Ulkoministerikaudellaan Fischer pyysi aiempaa toimintaansa anteeksi. Oman kertomansa mukaan hän alkoi erkaantua radikaalista liikkeestä vuoden 1977 "Saksan syksyn" tapahtumien seurauksena kun työnantajaliiton puheenjohtaja Hanns Martin Schleyer kaapattiin ja murhattiin raa'asti.
Vihreä realisti
Jo ennen liittymistään puolueeseen vuonna 1982 Fischer perusti Daniel Cohn-Benditin ja muiden kanssa Frankfurtissa Arbeitskreis Realpolitik -työryhmän, jossa muovattiin vihreille "reaalipoliittista" suuntausta. Vastakkainasettelu näiden uusien näkemysten kanssa johti Frankfurtissa "eko-fundamentalistien" ("Fundis") ja realistien ("Realos") väliseen ristiriitaan. Vuonna 1983 Fischer valittiin liittopäiville ensimmäisten vihreiden joukossa.
Vuonna 1985 Hessenin osavaltiossa muodostettiin ensimmäinen punavihreä hallitus pääministeri Holger Börnerin johdolla. Tuolloin Fischer valittiin ympäristö- ja energiaministeriksi. Jo hänen ministerinvalansa herätti suurta huomiota epämuodollisen pukeutumisen vuoksi.lähde? Vuonna 1987 Fischer joutui muiden vihreiden ohella jättämään hallituksen vihreiden tehtyä ydinvoimasta hallituskysymyksen. Pian seuranneiden uusien vaalien jälkeen Fischer toimi maapäivillä vihreiden eduskuntaryhmän puheenjohtajana.
Vuoden 1991 vaaleissa punavihreät saavuttivat vaalivoiton ja palasivat neljän vuoden tauon jälkeen valtaan. Hans Eichelin (SPD) pääministerikaudella Fischer toimi jälleen Hessenin ympäristöministerinä. Vuonna 1994 Fischer jätti tehtävänsä Hessenissä ja palasi liittopäiville. Vuonna 1995 Fischer aiheutti puolueen sisäisiä ristiriitoja, sillä hän erkaantui puolueen tiukan pasifistisesta linjasta hyväksymällä sotilaalliset toimenpiteet YK:n suoja-alueiden ylläpitämiseksi Bosniassa ja Hertsegovinassa. Myös suuntaamalla vihreät talouspoliittisesti kohti markkinataloutta teki vihreistä entistä "reaalipoliittisemman" puolueen.
Ulkoministeri ja varakansleri
Vuoden 1998 vaaleissa oikeistokoalitio menetti enemmistönsä liittopäivillä 16 vuoden kauden jälkeen. Ensi kertaa liittovaltion tasolla syntyi punavihreä koalitio. Gerhard Schröderin johtamassa hallituksessa Fischer nimitettiin ulkoministeriksi ja varakansleriksi.
Vuonna 1999 Fischer tuki Saksan osallistumista kansainvälisen oikeuden kannalta kiisteltyyn Kosovon sotaan. Tällöin saksalaiset sotilaat osallistuivat sotatoimiin ensi kertaa sitten toisen maailmansodan. Fischer perusteli sotaa viittaamalla kansallissosialistisen Saksan aikaiseen juutalaisten kansanmurhaan. Uuden Auschwitzin estämiseksi liittotasavallan armeijan oli toimittava Bosniassa ja Kosovossa. Fischerin mukaan rinnastettavuus kansallissosialismiin ja fasismiin oli ilmeistä. Tuolloin esitettiin myös sittemmin vääriksi osoittautuneita väitteitä, joiden mukaan Kosovossa olisi keskitysleirejä.
Fischerin reaalipoliittinen ote on herättänyt puolueen sisällä ankaraakin kritiikkiä. Tähän on antanut aihetta myös hänen suhtautumisensa Tšetšenian sotaan. Vuonna 1995 Fischer tuomitsi silloisen hallituksen toimimattomuuden asiassa kutsuen Tšetšenian tapahtumia ydinvallan suorittamaksi julmaksi pienen kansan murhaksi". Vuonna 2000 ulkoministeri Fischer puolestaan esitti, että Venäjää ei tule eristää ja sota terrorismia vastaan on oikeutettua.
Fischerin ansiona pidetään vuoden 2002 vaalivoittoa, joka mahdollisti punavihreän koalition jatkumisen vuoteen 2005 asti.
Politiikan jälkeen
Vuoden 2005 vaalien jälkeen vihreät joutuivat Saksassa oppositioon. Tämän myötä Fischer luopui myös puolueen johtotehtävistä. Liittopäivistä hän erosi 1. syyskuuta 2006. Syksyllä 2006 Fischer nimitettiin vuodeksi vierailevaksi professoriksi amerikkalaiseen Princetonin yliopistoon.