Hyūgan kaupunki perustettiin vuonna 1951, kun Tomishiman maaseutukaupunki ja Iwawakin kyläkunta liitettiin yhteen. Kaupunki sai nimensä aiemmalta Hyūgan provinssilta. Vuonna 1955 kaupunkiin liitettiin vielä Mimitsun maaseutukaupunki ja vuonna 2006 Tōgōn maaseutukaupunki. Kaupungin historiallista ydinaluetta on Tomitakan kaupunginosa, joka toimi Edo-kaudella vuodesta 1692 lähtien Hitalle alisteisena hallinnollisena keskuksena suoraan Tokugawa-bakufun omistuksessa. Sen itäpuolella sijaitseva Hososhima kehittyi vilkkaana kauppasatamana ja myöhemmin 1900-luvun puolivälistä lähtien teollisuussatamana, jonka läheisyyteen kehittyi muun muassa sokeri-, tekstiili- ja metalliteollisuutta.[1][4]