Vuonna 1871 Kretzschmar alkoi opettaa Leipzigin konservatoriossa toimien samalla kapellimestarina kaupungin musiikkiseuroissa, joita olivat muun muassa Euterpe ja Singakademie. Samalla vuosikymmenellä hän myös sävelsi laulumusiikkia. Kretzschmar kuitenkin ylirasittui suuresta työmäärästä niin paljon, että joutui luopumaan opettajan toimestaan 1876. Vähän aikaa hän johti Metzin kaupunginteatterissa ennen kuin siirtyi Rostockin yliopiston musiikinjohtajaksi 1877. Vuodesta 1880 lähtien hän oli myös Rostockin kaupungin musiikinjohtaja. Kretzschmar palasi 1887 Leipzigiin yliopiston musiikinjohtajaksi johtaen samalla ylioppilaiden Paulus-kuoroa.[1] Leipzigissa hän toimi myös yliopiston musiikinhistorian dosenttina ja ylimääräisenä professorina vuodesta 1895. Vuonna 1904 Kretzschmar aloitti Berliinin yliopiston musiikkitieteen professorina ja 1909–1920 hän oli Berliinin musiikkikorkeakoulun johtaja.[2]
Kretzschmar oli aikanaan yksi merkittävimmistä Saksan musiikinhistorioitsijoista, joka teki myös uraauurtavaa työtä vanhan musiikin ja sen esitystavan parissa. Hänen näkökulmansa musiikinhistoriaan edusti laajaa kulttuuri- ja sosiaalihistoriallista katsantoa. Hän oli myös musiikillinen kansansivistäjä Führer durch den Konzertsaal -kirjasarjallaan. Hän oli musiikin hermeneutiikan perustajia.
