Fujisawa kehittyi Muromachi-kaudelta lähtien Shōjōkō-jin eli Yugyō-jin temppelin eduskaupunkina. Se sijaitsi tärkeän Tōkaidō-tiereitin ja Miuran niemimaalle johtaneen tien risteyskohdassa, ja Edo-kaudella sinne sijoitettiinkin yksi Tōkaidōn postiasemista (shukuba). Nykyisen kaupungin kaakkoisosassa sijaitseva Katasen kaupunginosa, joka liitettiin Fujisawaan vuonna 1947, kasvoi vuorostaan jo Edo-kaudella Enoshiman saaren eduskaupungiksi. 1800-luvun lopulla Fujisawa hetkellisesti taantui, kun kaupungin kautta kulkeva rautatielinja rakennettiin ohittamaan vanhaa postiasemaa ympäröinyt asutus. 1930-luvulta lähtien Fujisawaan alkoi kuitenkin sijoittua huvila- ja lähiöasutusta, ja toisen maailmansodan jälkeen se on kaupungistunut voimakkaasti osana Suur-Tokiota. Kaupunkioikeudet Fujisawa sai vuonna 1940. Kaupungin pohjoisosiin on rakennettu suurimittakaavaista kemian-, elektroniikka- ja koneteollisuutta.[3][4]