Balaj on KS Vllaznian kasvatti. Vuonna 2010 hän siirtyi turkkilaiseen Gençlerbirliği SK:hon. Balaj oli seurassa vain yhden kauden ajan, ennen kuin palasi takaisin kotimaahansa ja KF Tiranaan. Albanian pääkaupungissakin Balaj viihtyi vain kauden, ennen kuin siirtyi Tšekin suurseuraan AC Sparta Prahaan. Hänen alkunsa seurassa oli lupaava, mutta vuonna 2013 Balaj siirtyi lainalle puolalaiseen Jagiellonia Bialystokiin. Puolalaisseurassa pelejä kertyi 31 ja maaleja seitsemän yhden kauden aikana, joten toinen prahalaisseuraSlavia Praha osti Balajn kesällä 2014. 13 ottelun ja kolmen maalin jälkeen Balaj siirtyi tammikuun 2015 siirtoikkunassa Kroatian pääsarjan 1. HNL:in HNK Rijekaan.