Sisällissodan puhjettua Jegorov määrättiin lokakuussa 1918 puna-armeijan 9. armeijan komentajaksi Donin alueelle ja joulukuussa 10. armeijan komentajaksi vastaamaan Tsaritsynin puolustuksesta. Heinäkuussa 1919 hän siirtyi komentamaan 14. armeijaa Brjanskin ja Kiovan luona.[2] Hänet nimitettiin etelärintaman komentajaksi lokakuussa 1919 Anton Denikininvalkoisen armeijan edetessä kohti Moskovaa. Vastahyökkäyksen aikana Jegorov komensi Orjolin–Kromyn offensiivia ja Voronežin–Kastornojen offensiivia loka–marraskuussa 1919 sekä lounaisrintaman Rostovin–Novotšerkasskin offensiivia tammikuussa 1920. Sen jälkeen hänet siirrettiin torjumaan Puolan hyökkäystä. Huhti–toukokuussa 1920 Jegorovin armeija joutui perääntymään ja luovuttamaan muun muassa Kiovan ja Vinnitsan puolalaisille, mutta touko–kesäkuun vastahyökkäyksessä hän oli mukana valtaamassa Kiovaa takaisin. Vastahyökkyksen jatkaminen Lviviin johti kuitenkin uusiin vastoinkäymisiin ja toiseen perääntymiseen.[1]
Puolan sodan jälkeen Jegorov nimitettiin tammikuussa 1921 Kiovan sotilaskomentajaksi ja huhtikuussa 1921 Pietarin sotilaspiirin päälliköksi.[1] Syyskuusta 1921 tammikuuhun 1922 hän komensi länsirintamaa.[2] Helmikuusta 1922 toukokuuhun 1924 hän oli Kaukasuksen erillisarmeijan komentajana ja sen jälkeen kaikkien Ukrainaan ja Krimille sijoitettujen joukkojen komentajana. Marraskuussa 1925 Jegorov lähetettiin Neuvostoliiton sotilasattaseaksi Kiinaan, ja palattuaan hänestä tuli vuonna 1927 Valko-Venäjän sotilaspiirin joukkojen komentaja. Hänet nimitettiin puna-armeijan esikunnan päälliköksi kesäkuussa 1931. Syyskuussa 1935 esikunnan nimi muutettiin pääesikunnaksi, mutta Jegorov jatkoi samassa tehtävässä. Hän pyrki kehittämään maan armeijaa ja julkaisi sotahistoriallisia sekä sotateoreettisia teoksia. Hän sai vuonna 1935 marsalkan arvon.[1] Hän oli vuosina 1934–1938 NKP:n keskuskomitean ehdokasjäsen.[2]
Ensimmäiset viisi Neuvostoliiton marsalkkaa marraskuussa 1935, Jegorov oikealla.
Jegorov siirtyi toukokuussa 1937 esikuntapäällikön tehtävästä puolustusasiain apulaiskansankomissaariksi, mistä hänet siirrettiin tammikuussa 1938 Transkaukasian sotilaspiirin päälliköksi.[1] Helmikuussa 1938 Jegorovin vaimo pakotettiin tunnustamaan vakoilleensa Puolan hyväksi. Jegorov erotettiin armeijasta 25. helmikuuta ja vangittiin 27. maaliskuuta 1938. Hänet pakotettiin tunnustamaan olleensa Saksan ja Puolan vakooja sekä kuuluneensa vastavallankumoukselliseen järjestöön ja ilmiantamaan 60 muuta upseeria sen jäseninä.[2] Jegorov tuomittiin kuolemaan 22. helmikuuta 1939 ja teloitettiin seuraavana päivänä. Hänet rehabilitoitiin vuonna 1956.[1]
