1991n sortua hasieran Eibartarrak FT izan zuen izena. Eibartarrak taldea 1999an Erreginaren Koparen finalera iritsi zen eta superkopa irabazi zuen Oroquieta Villaverderi partida biak irabazita, 3-0 eta 0-5. Ez da ordea ofizialtzat hartzen titulu hau.
Bi urte aurrerago, lehenengo maila irabaztekotan izan arren, 2000-01. denboraldian, Superliga sortu zutenean, Bigarren Mailan geratu zen. 2003an egungo izena hartu zuen, independentea zen arren. 2009an Eibar KEren sekzio bihurtu zen eta Lehen mailara igo zen.[1] Bi urte egin ondoren jeitsi zen, baina hurrengo urtean berriz itzuli zen.