Slovan 1919ko apirilaren 1ean sortu zen I.ČsŠK Bratislava izenarekin Bratislavako Panonia kafetxean.
Lehenengo urte bikainak 40. hamarkadaren hasieran izan zituen Eslovakiar liga lau aldiz irabazi baitzuen. Hala ere urrezko aroa 60. hamarkadan ezagutu zuen Europa mailako garaipen batekin biribildu zuena, 1969ko Errekoparen finalean FC Barcelona 3-2 gainditu zuenean.
Txekoslovakia zatitu zenean Eslovakiako Liga berreskuratu zen eta gaur egun garaipen gehien dituen taldea da MŠK Žilinarekin lehia gogorrean. Azken tituluak 2013 eta 2014ko Ligak eta 2017 eta 2018ko Kopak ditu. Azken urteetan berriz ere herrialdeko talde indartsuena bihurtu da.