Como profesor, impartió cátedra de Historia del Arte en la Escuela de Verano desde 1937, en la Facultad de Filosofía y Letras fue catedrático desde 1944 hasta su muerte. En 1953, obtuvo una maestría en Historia con la tesis de Arte moderno y contemporáneo de México. En 1954, obtuvo un doctorado en Filosofía con la tesis Coatilcue: estética del arte indígena antiguo. En ambas ocasiones fue Summa cum laude.[4] En su obra, se puede observar que Justino Fernández también fue influenciado por la corriente del positivismo que trajo a México, Gabino Barreda.
En 1936, Manuel Toussaint lo invitó a participar como investigador en el Instituto de Investigaciones Estéticas de la UNAM, y ejerció el puesto hasta 1954. En 1952 colaboró para la realización del catálogo de construcciones religiosas publicado por la Secretaría de Hacienda y en la Exposición de Arte Mexicano en París.[4] Al morir Toussaint en 1955, Justino Fernández fue designado director del Instituto y desempeñó el cargo hasta 1968.
El 23 de julio de 1965 ingresó como miembro de número a la Academia Mexicana de la Lengua ocupando la silla XXVI, su discurso de entrada fue El lenguaje de la crítica de arte. En 1967 fue miembro fundador de la Academia de Artes de México. En 1969 fue nombrado miembro de número de la Academia Mexicana de la Historia ocupó el sillón 7.[5]
En 1969 fue nombrado investigador emérito por el Consejo Universitario, ese mismo año fue ganador del Premio Nacional de Lingüística y Literatura.[6] En 1970, fue nombrado miembro de la Junta de Gobierno de la UNAM.[1]
Las investigaciones y aportaciones de Justino Fernández se centran en asuntos artísticos orientados en el contexto mexicano y agrupados en temas prehispánicos, novohispanos y contemporáneos a su época. De esta forma, estudió de manera particular, la escultura de la diosa Coatlicue, el arte barroco novohispano, la obra del paisajista mexicano José María Velasco y de manera muy particular la obra de José Clemente Orozco.
"El canto del hombre en llamas, que en verdad es doloroso lamento, nos hace estremecer, porque sugiere que al acabarse el fuego, todo será tinieblas en este libro."
↑Consejo Nacional para la Cultura y las Artes. «Premio Nacional de Ciencias y Artes». Secretaría de Educación Pública. Archivado desde el original el 22 de julio de 2011. Consultado el 24 de enero de 2010.
