Su debut se produjo en 125cc en el Campeonato del Mundo de Motociclismo de 1998. Su primera temporada completa sería en 2001 donde acabó en 17.º posición. En 2002 dividió su temporada entre 125cc y 250cc. Se mantuvo en 250cc hasta 2006, acabando en duodécimo lugar en la general, su mejor clasificación.
En 2007 sorpende a todo el mundo reemplazando a Roberto Rolfo en la escudería SC Caracchi Ducati de Campeonato Mundial de Superbikes. Con la Ducati 999 F05, transitó habitualmente entre los primeros 15 de la general, terminando la temporada con un octavo puesto como mejor posición.
El siguiente año montó en una Ducati 1098 RS 08 para el Guandalini Racing del equipo de Grifo. Terminó en el puesto 13 del campeonato. En 2009 Smrž continuó con el Guandalini Racing Team, obteniendo su primer podio en la cuarta carrera de la temporada en Assen y la primera pole position en la octava en Misano Adriatico. Esta vez terminó décimo en la general.
Smrž continuó en el equipo en 2010, corriendo bajo el nombre de B&G después de un acuerdo de colaboración con el exequipo de Sterilgarda Ducati.[5] Después de una serie de fallos mecánicos a mitad de temporada, el equipo cambió a una moto Aprilia, la primera vez que Smrž pilotaba una moto que no fuera una Ducati en esta competición.[6] Con ella, fue el más rápido en los entrenamientos oficiales de Silverstone.[7]
↑GMT94 Yamaha wrests pole at Oschersleben FIM EWC.com, 8 June 2018. They placed ahead of BMW-mounted Mercury Racing, who will race without Jakub Smrž, injured in qualifying yesterday. Retrieved 22 July 2018