Fue fundada en el siglo XIII, reconstruida en el XIV y alterada de nuevo a principios del siglo XV, cuando se añadieron una fina entrada gótica y un techo con forma de quilla. El alto interior es también gótico y tiene tres ábsides. Fue a menudo escenario de episodios de violencia, e incluso de homicidios, motivo por el cual a lo largo de los siglos fue consagrada seis veces.
San Esteban es la iglesia de una de las parroquias del Vicariado de San Marco-Castello. Las otras iglesias de la parroquia son San Samuele, San Maurizio, San Vidal y el oratorio de San Angelo degli Zoppi.
Caso casi único en la ciudad, el ábside de la iglesia es también un puente por debajo del cual corre un río navegable. El campanario de la iglesia, muy alto, de planta románica con cella de tres arcos y rematado por un tambor octogonal, está caracterizado por una acentuada inclinación.