En 1481 fue legado apostólico de la Santa Sede en Bohemia, Polonia y Hungría para convencer a sus reyes de luchar contra el Imperio Otomano. En 1476 se había celebrado el matrimonio de su hermana Beatriz de Aragón con el rey Matías Corvino de Hungría, y desde entonces las relaciones entre los dos reinos se habían estrechado enormemente. Luego de que en 1471 se hubiese producido una conspiración contra el rey húngaro, encabezada por su propio tutor Juan Vitéz, arzobispo de Estrigonia, la sede de la archidiócesis fue ocupado por el clérigo Juan Beckensloer, que traicionó al monarca húngaro y escapó a suelo germánico con gran parte del tesoro. A pesar de que se negó a renunciar al título arzobispal, el rey Matías nombró arzobispo a Giovanni, lo que le permitiría tener bajo su control los ingresos y beneficios de la archidiócesis, y anulando a un posible rival político. Giovanni no pudo ocupar la sede hasta que el papa privó de su título a Beckensloer y a comienzos de 1484 Juan viajó de nuevo a Hungría y ocupó la sede.[3]
El abad Luigi Tosti recuerda como a iniciativa del cardenal Giovanni se debe el descubrimiento de la exacta ubicación de la sacra apología de San Benito y Santa Escolástica y de su recolocación, para su conservación y veneración en la abadía.[4]
La tradición quiere que a lo mismo se deba también el descubrimiento debajo del altar del santuario de Montevergine de la apología de San Genaro que fue restituida a la ciudad de Nápoles.[5]
Las relaciones del rey de Nápoles con el nuevo papa Inocencio VIII pronto se volvieron tensas: cuando Alfonso d'Aragona fue a Roma a dar la embajada de obediencia al pontífice solicitó la incorporación al Reino de Nápoles de Benevento, Terracina y Pontecorvo, que el papa denegó; el rey Ferrante rechazó pagar el censo anual a la Santa Sede, impuso nuevos tributos arbitrarios al clero napolitano y nombró obispos contra el derecho del papa. A la situación vino a sumarse en el verano de 1485 la insumisión de la ciudad de L'Aquila, que se declaró por los Estados Pontificios, y la conjura de los barones napolitanos contra el rey Ferrante, a la que se adhirió el papa.
Comisionado por su padre el rey Ferrante, Giovanni viajó a Roma para mediar ante Inocencio VIII, pero pocos días después de su llegada cayó enfermo de la peste que asolaba la ciudad y murió antes de cumplir los treinta años de edad. Fue sepultado en el ábside de la Basílica de Santa Sabina en una ceremonia a la que por motivos de salubridad solo asistieron tres cardenales (Carafa, Balue y Conti) y ninguno de los parientes del difunto.[7][8][9]
Luego de su fallecimiento, el rey húngaro (a petición de su esposa Beatriz) nombró arzobispo de Estrigonia a su sobrino el aún niño Ippolito d'Este, hijo de Eleonor de Aragón, hermana de Giovanni y Beatriz.
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