La primera mención escrita de Auvernier data de 1011 bajo el nombre de Averniacum. La comuna mantuvo su autonomía hasta el 31 de diciembre de 2012. El 1 de enero de 2013 pasó a ser una localidad de la nueva comuna de Milvignes, tras la fusión de las antiguas comunas de Auvernier, Bôle y Colombier.