San Juan proviene de una familia que nada tiene que ver con el mundo artístico. Es hija de un cobrador de autobús y una auxiliar de enfermería, aunque desde muy pequeña supo que su vocación era el mundo artístico.[2]
Se mudó a Madrid a la edad de 19 años para probar suerte como actriz, aunque trabajó en bares, pubs de alterne y otros locales donde interpretaba sus monólogos. En una entrevista, ella misma contó que estuvo a punto de morir tras una operación de apendicitis que se complicó y que fue Verónica Forqué, que era en esos momentos su vecina, quien le salvó literalmente la vida.[3]
A los diecisiete años, en una operación de apendicitis, se dejaron una gasa dentro de su cuerpo que, al cabo de poco tiempo, le perforó el estómago y le produjo adherencias intestinales. En 2021 tuvo que ser de nuevo operada.[4]
Con veintiún años de edad, se trasladó a Madrid a trabajar, sobre todo en obras clásicas, aunque posteriormente trabajó en bares, pubs y otros locales donde interpretaba sus monólogos.
En 1999 obtuvo el papel de Agrado (una chica transgénero) en la película Todo sobre mi madre, de Pedro Almodóvar, papel por el que ganó un gran reconocimiento, así como varios premios, entre ellos una nominación a los Premios Goya como revelación. Posteriormente desarrolló su actividad profesional como directora con varios cortometrajes y películas.
En 2006 realizó el pregón del Carnaval de Las Palmas de Gran Canaria, repitiendo en 2007 como encargada de presentar la Gala de la Reina y en 2010 como presentadora del concurso de la Gala Drag Queen. En 2009 expuso en Canarias una colección de dibujos.[5]
En los años 2009 y 2010 se incorporó al elenco de La que se avecina durante la tercera y cuarta temporada representando a Estela Reynolds, papel por el que ganó gran popularidad.[6] Posteriormente abandonó la serie por motivos económicos.[7] Volvió a aparecer en la serie en el final de la sexta temporada, continuando en la séptima, y decidiendo luego abandonar la serie al creer terminado su personaje.[8] Durante 2014 y 2015 participó como protagonista en Gym Tony, comedia de situación de Cuatro.[9] También ha participado en el programa El club de la comedia, y llevando a escena producciones como Otras mujeres, Las que faltaban y Mi lucha (en clave de humor, sátira e ironía), con el respaldo de textos de Quim Monzó (1952-) y Terenci Moix (1942-2003). En 2011 protagonizó Lo mejor de Antonia San Juan, y en 2012 De cintura para abajo. En 2021, participó en el cortometraje Lamento,[10] del director Rubén Sánchez..
Como productora de teatro es dueña de la productora Trece Producciones, que compartía con su exesposo, Luis Miguel Seguí. También adquirió como concesión por veinte años el Teatro Arlequín, de Madrid.[11]
Vida privada
En 1991 conoció a Luis Miguel Seguí, con quien contrajo matrimonio en 2009.[7] Se divorciaron en 2015.[12]