Zollikofen situas norde de kurbo de la rivero Aro (rivero) proksimume kvin kilometroj norde la la federacia urbo Berno, kaj apartenas al ties aglomeraĵo.
Zollikofen estas per regionaj trajnoj kaj poŝtaŭtolinioj bone konektita al publika trafikreto. Krom la stacidomo Zollikofen sur la teritorio de la urbo situas kvar trajnhaltejoj. La stacidomoj kaj trajnhaltejoj de la komunumo estas servataj de la fervojentreprenoj Bern-Lötschberg-Simplon AG (Berno-Lötschberg-Sempiono-Fervojo) kaj Regionalverkehr Bern-Solothurn (Regiontrafiko Berno-Soloturno).
La unua dokumenta mencio de Zollikofen datiĝas el la jaro 1061 kiel Zuninkoven.
En mezepoko Zollikofen apartenis al la Regejo Reichenbach. La Regejo Reichenbach perdis siajn servutajn rajtojn kun la Helveta Revolucio en la jaro 1798 kaj estis ekuzata la nomo Zollikofen por la loko. En la jaro 1811 la komunumo formale sendependiĝis de Reichenbach kaj fariĝis memstara politika komunumo.
La 20-an de marto 2008 la komunumo bonvenigis sian 10000-an loĝanton kaj tiel oficiale akiris la statuson de urbo.
