Ĝi estis fondita en sia nuna formo en 1961 kaj havas sian originon en la Duka Universitato de Bretonio, fondita en Nanto en 1460 fare de duko Francisko la 2-a de Bretonio per buleo de Pio la 2-a.
La universitato estis formita pere de fuzio de la Université de Nantes, la universitata hospitalo CHU de Nantes, la esplorinstituto IRT Jules Verne, la esplorcentro Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) kaj la altlernejoj Centrale Nantes, École des Beaux-Arts Nantes Saint-Nazaire kaj École d'Architecture de Nantes.
Sur nacia nivelo kaj koncerne profesian integriĝon post diplomiĝo, la Universitato de Nanto oscilas inter 3-a kaj 40-a loko el 69 universitatoj depende de la kampo de studo. Nuntempe, la universitato havas proksimume 34,500 studentojn. Pli ol 10% el ili estas internaciaj studentoj el 110 landoj.
Famaj eks-studentoj inkludas iaman ĉefministron Jean-Marc Ayrault, iaman Agrikulturministron Stéphane Le Foll, kaj Unuiĝintajn Naciojn oficialulon Clément Nyaletsossi Voule.
