La universitato estis fondita en 1989 kiel Northern Territory University (NTU) en Darwin[2]; la 1-an de januaro 2004, NTU estis kunfandita kun Centralian College en Alice Springs sub la nova nomo Charles Darwin University [3]. Ĝi estas nomita laŭ la brita naturisto Charles Darwin.
La ĉefkampuso "Casuarina" situas en la Brinkin-distrikto de la ĉefurbo Darwin, aliaj lokoj estas en Alice Springs, Palmerston kaj Katherine same kiel pli malgrandaj branĉoj en Tennant Creek, Yulara, Jabiru, Mataranka kaj Nhulunbuy.
En 2020, 13,801 studentoj estis aliĝintaj en la universitato (2016: 11,847, 2017: 11,477, 2018: 11,430, 2019: 12,283). 9,283 el ili (67.3%) ankoraŭ ne havis unuan gradon, 8,448 el ili estis bakalaŭrostudentoj. 2,924 (21.2%) jam havis unuan gradon kaj 336 el ili laboris en esplorado. En 2007 ekzistis 4,300 studentoj [4].
