Kvankam en la 1930 oni konsideris lin kandidato al Nobel-premio pro sia invento de la angiografio, nur en 1949 estis kiam Moniz ricevis la Nobel-premion pri medicino (estis la unua portugalo kiu atingis Nobel-premion) kun la svisa neŭrologo Walter Rudolf Hess, pro alia kontribuo: nome "pro la malkovro de la teŭrapeta valoro de la lobotomio en determinitaj psikozoj".[1] La Banko de Portugalio rememorigis tiun okazon per dediĉo de la eldono de monbileto de 10 000 eskudoj la 12an de Januaro 1989.
Li tenis akademiajn postenojn, verkis multajn medicinajn artikolojn kaj ankaŭ servis en kelkaj parlamentaj kaj diplomatiaj postenoj por la portugala registaro. En 1911 li iĝis profesoro pri neŭrologio en Lisbono ĝis sia retiriĝo en 1944.
En 1938 (kiam li estis 63-jaraĝa), psikiatra paciento kiun li zorgis pafis al li ok fojojn, kaj lasis lin paralizulo por la cetero de sia vivo.
