Ο «Αθλητικός Όμιλος Επισκοπή» ιδρύθηκε το 1962.[3] Το 1964 έλαβε μέρος για πρώτη φορά σε επίσημα πρωταθλήματα και αγωνίστηκε στη Β΄ Κατηγορία της Ε.Π.Σ. Ρεθύμνου, καταλαμβάνοντας την 5η θέση,[4] την επόμενη την 7η θέση,[4] ενώ το 1966 αναδείχθηκε πρωταθλήτρια Γ΄ Κατηγορίας.[4]
Από τη σεζόν 1966-67 έως τη σεζόν 1978-79 δεν συμμετείχε στα πρωταθλήματα.[4] Τη σεζόν 1979-80 επανήλθε στην επίσημη αγωνιστική δράση και συμμετείχε στη Γ΄ Κατηγορία, όπου κατέλαβε την 4η θέση και προβιβάστηκε,[4] ενώ τη σεζόν 1982-83 κατέλαβε τη 3η θέση στη Β΄[4] και προβιβάστηκε για πρώτη φορά στην Α΄ Κατηγορία της Ε.Π.Σ. Ρεθύμνου.
Στην Α΄ Κατηγορία καθιερώθηκε πλέον από τη σεζόν 1989-90, κατά την οποία μάλιστα αναδείχθηκε πρωταθλήτρια και προβιβάστηκε για πρώτη φορά στην Δ΄ Εθνική,[4] όπου αγωνίστηκε τις σεζόν 1990-91, 1991-92 και εκ νέου τη σεζόν 1994-95.[4]
Επανήλθε στην Δ΄ Εθνική από τη σεζόν 2002-03 και αγωνίστηκε συνεχώς για 10 χρόνια έως και τη σεζόν 2011-12,[4] όποτε και αναδείχθηκε πρωταθλήτρια του 10ου ομίλου και προβιβάστηκε στην Γ΄ Εθνική για πρώτη φορά στην ιστορία της.[5]
Στην πρώτη της παρουσία στην Γ΄ Εθνική τη σεζόν 2012-13 κατέλαβε την 4η θέση του Νοτίου ομίλου νικώντας με 4-1 τον Π.Α.Σ. Κόρινθος στην 25η αγωνιστική και προβιβάστηκε στην Β΄ Εθνική κατηγορία,[6] όπου αγωνίστηκε τις σεζόν 2013-14 και 2014-15.[4] Τη σεζόν 2015-16 αγωνίστηκε στην Γ΄ Εθνική, όπου τερματίζοντας στην 13η θέση του 4ου ομίλου υποβιβάστηκε στο τοπικό πρωτάθλημα, ύστερα από 14 χρόνια παρουσίας στα εθνικά πρωταθλήματα.
Τη σεζόν 2017-18 αναδείχθηκε πρωταθλήτρια Ε.Π.Σ. Ρεθύμνου και επέστρεψε στην Γ΄ Εθνική. Τη σεζόν 2019-20 αναδείχθηκε πρωταθλήτρια του 8ου ομίλου της Γ΄ Εθνικής[7] η οποία αποτελούσε την 4η τη τάξει κατηγορία μετά την αναδιάρθρωση του 2019 και προβιβάστηκε στην Β΄ Εθνική. Τη σεζόν 2020-21 κατέλαβε τη 2η θέση του Νοτίου ομίλου πίσω από τον Π.Σ. Καλαμάτα και μπροστά από τον Α.Σ. Ρόδος και προβιβάστηκε στη νέα Α2 Εθνική Κατηγορία, τη 2η τη τάξει εθνική κατηγορία, όπου και αγωνίστηκε τις σεζόν 2021-22 και 2022-23.
Το τμήμα ποδοσφαίρου γυναικών του Α.Ο. Επισκοπή ιδρύθηκε το καλοκαίρι του 2022[9] και αποτελεί τη δεύτερη γυναικεία ομάδα ποδοσφαίρου στα χρονικά του νομού Ρεθύμνης, μετά την Ρεθυμνιακή Ένωση Αθλητών.[9]
Τη σεζόν 2022-23 δήλωσε συμμετοχή στην Γ΄ Εθνική[9] με προπονητή τον πρώην προπονητή και παλαίμαχο ποδοσφαιριστή της ανδρικής ομάδας Παντελή Μπερικάκη.[9]
.svg){kind=small}