Η περιοχή, που επρόκειτο να γίνει Σωφηνή, ήταν μέρος του βασιλείου της Αραράτ (Ουράρτου) τον 8ο-7ο αιώνα π.Χ. Αφού ένωσε την περιοχή με το βασίλειό του στις αρχές του 8ου αιώνα π.Χ., ο βασιλιάς Αργύστης Α΄ του Ουραρτού μετεγκατέστησε πολλούς από τους κατοίκους του στη νεόκτιστη πόλη Ερεμπούνι (σημερινή πρωτεύουσα της Αρμενίας Ερεβάν).
Μετά τις εκστρατείες του Μεγάλου Αλεξάνδρου το 330 π.Χ. και την επακόλουθη κατάρρευση της Αχαιμενιδικής Αυτοκρατορίας, η Σωφηνή παρέμεινε μέρος του πρόσφατα ανεξάρτητου βασιλείου της Μεγάλης Αρμενίας. Στις αρχές του 3ου αιώνα π.Χ., με υποκίνηση της Αυτοκρατορίας των Σελευκίδων, η οποία προσπαθούσε να αποδυναμώσει το Αρμενικό βασίλειο, η Σωφηνή χωρίστηκε από την Ευρύτερη Αρμενία και σχημάτισε το Βασίλειο της Σωφηνής.
Το βασίλειο κυβερνήθηκε από ένα παρακλάδι της αρμενικής βασιλικής δυναστείας των Οροντίδων. Στη συνέχεια, η Σωφηνή διαχωρίστηκε και από το βασίλειο Σωφηνής-Κομμαγηνής δημιουργώντας ένα ανεξάρτητο βασίλειο. Η Κομμαγηνή ήταν μέρος της Σωφηνής εκείνη την περίοδο.
Περίπου το 200 π.Χ., στην προσπάθειά του να υποτάξει τελικά την Αρμενία, ο Σελευκίδης βασιλιάς Αντίοχος Γ' κατέκτησε τόσο τη Μεγάλη Αρμενία όσο και τη Σωφηνή, εγκαθιστώντας τους Αρμένιους στρατηγούς Αρταξία Α' και Ζαριάδρη ως κυβερνήτες-στρατηγούς στα αντίστοιχα βασίλεια. Μετά την ήττα του Αντίοχου από τους Ρωμαίους στη μάχη της Μαγνησίας το 190 π.Χ., και οι δυο δήλωσαν ότι ήταν ανεξάρτητοι βασιλιάδες. Ο Ζαριάδρης και οι απόγονοί του κυβέρνησαν το βασίλειο της Σωφηνής, μέχρι που επανενώθηκε με την Ευρύτερη Αρμενία από τον Τιγράνη τον Μέγα στη δεκαετία του 80 π.Χ.