Πρωταθλητής Μακεδονίας για την περίοδο 1938-1939 αναδείχθηκε ο Ηρακλής[1] Ο Άρης έμεινε στη δεύτερη θέση της βαθμολογίας έχοντας επικρατήσει με 5-1 επί του ΠΑΟΚ. Ο κορυφαίος πρώην παίκτης του Άρη Νίκος Κίτσος είχε πλέον ενταχθεί στον Ηρακλή και με εκείνον πρωταγωνιστή η ομάδα του Γηραιού σημείωσε 2 νίκες επί του Άρη με σκορ 3-2 και 1-0.[2]
Α΄ Κατηγορία
Η Α΄ κατηγορία διεξήχθη με τη συμμετοχή 6 συλλόγων με τον Αετό Παπάφη να εντάσσεται την τελευταία στιγμή[3]
Το πρωτάθλημα ξεκίνησε στις 9 Οκτωβρίου[4] και ολοκληρώθηκε 10 Κυριακές αργότερα στις 11 Δεκεμβρίου.
Το σύστημα βαθμολόγησης για πρώτη φορά ήταν 3 βαθμοί για τη νίκη , 2 βαθμοί για την ισοπαλία και 1 για την ήττα. Η τελική βαθμολογία ήταν:[1][5]
Οι τρεις πρώτοι προκρίθηκαν για το Βόρειο Όμιλο του Πανελλήνιου Πρωταθλήματος όπου θα αντιμετώπιζαν τους τρεις πρώτους του πρωταθλήματος Ανατολικής Μακεδονίας , κρατώντας τα αποτελέσματα και τους βαθμούς από τους μεταξύ τους αγώνες (Ηρακλής 10β. Άρης 8β. ΠΑΟΚ 6β.)
Ο Αετός Παπάφη υποβιβάστηκε στη Β΄ κατηγορία χωρίς αγώνες διαβάθμισης με τον πρωταθλητή της.[6]
Πρωταθλήτρια για δεύτερη συνεχόμενη περίοδο ήταν η ομάδα του Απόλλωνα Καλαμαριάς [8] Έδωσε πάντως αγώνες διαβάθμισης με Ολυμπιακό Τερψιθέας και Εθνικό Καμάρας για την άνοδο στην Α΄ όπου επικράτησε και προβιβάστηκε στην Α΄ κατηγορία για πρώτη φορά. Ο Ολυμπιακός Τερψιθέας πήρε τη 2η θέση νικώντας τον Εθνικό Καμάρας και ο Ολυμπιακός Θεσσαλονίκης υποβιβάστηκε στη Γ΄ ή δεν συμμετείχε στο πρωτάθλημα της επόμενης περιόδου.
Γ΄ Κατηγορία
Στη Γ΄ κατηγορία πρωταθλητής ήταν ο Μέγας Αλέξανδρος που κέρδισε στον τελικό αγώνα 8-0 τον Άτλα Ιπποδρομίου. [9]
Στο πρωτάθλημα της Δυτικής Μακεδονίας συμμετείχαν 4 σύλλογοι από 3 πόλεις της Δυτικής Μακεδονίας που υπάγονταν στην ΕΠΣ Μακεδονίας. Το πρωτάθλημα ξεκίνησε στις 21 Αυγούστου 1939 και οι σύλλογοι που συμμετείχαν ήταν οι εξής:[11]