Η αυτοκρατορική δυναστεία πήρε το όνομα της από ένα κάστρο που πήρε με την σειρά του το όνομα από ένα βουνό. Το όνομα "Χοενστάουφεν" χρησιμοποιήθηκε για πρώτη φορά τον 14ο αιώνα για να διακρίνουν τον ψηλό (Γερμανικά "Χοέν") κωνικό λόφο με το όνομα "Στάουφεν" στις Σουαβικές Ιούρα, στην περιοχή του Γκόπινγκεν, υπήρχε χωριό στην διπλανή κοιλάδα με το ίδιο όνομα. Το νέο όνομα για το ψηλό κάστρο του Στάουφεν εφαρμόστηκε από τους ιστορικούς τον 19ο αιώνα για να το διακρίνει από τα υπόλοιπα κάστρα στην περιοχή με το ίδιο όνομα. Το όνομα της βασιλικής δυναστείας ακολούθησε τις επόμενες δεκαετίες αλλά οι Γερμανοί ιστορικοί προτιμούσαν περισσότερο το όνομα "Στάουφερ" που ήταν περισσότερο διαδεδομένο στην Γερμανική γλώσσα.[2] Το όνομα "Στάουφεν" μεταφράζεται ως Άγιο Ποτήριο και ήταν σε εκτεταμένη χρήση στην Σουαβία τον Μεσαίωνα στους κωνικούς λόφους.[2] Ο όρος χρησιμοποιήθηκε τόσο για τον λόφο όσο και για το κάστρο στα Λατινικά έγγραφα με διάφορες παραλλαγές. Το κάστρο οικοδόμησε ο γενάρχης της δυναστείας Φρειδερίκος Α΄ της Σουαβίας στα τέλη του 11ου αιώνα.[3]
Τα μέλη της οικογένειας χρησιμοποιούσαν περιστασιακά το τοπωνύμιο "Στάουφεν" με διάφορες παραλλαγές, μόνο από τον 13ο αιώνα χρησιμοποιήθηκε το όνομα για ολόκληρη την οικογένεια. Ένας χρονικογράφος (1215) αναφέρει για τους "Αυτοκράτορες των Στάουφεν", ο αυτοκράτορας Φρειδερίκος Β΄ αναφέρει επίσης την οικογένεια του ως "Οικογένεια των Στάουφεν" (1247). Ο Όθων του Φράιζινγκ συσχετίζει τον 12ο αιώνα τους Στάουφεν με την Βάιμπλινγκεν, ένας άλλος χρονικογράφος αργότερα (1230) τους καταγράφει "βασιλική δυναστεία των Βάιμπλινγκεν". Οι οπαδοί της δυναστείας στην Ιταλία Γιβελλίνοι τον 13ο και τον 14ο αιώνα πήραν το όνομα τους πιθανότατα από την Βάιμπλινγκεν.[3] Στην Ιταλική ιστοριογραφία οι Στάουφεν ήταν γνωστοί σαν Σουηβοί.[2]
Οι γενάρχες της οικογένειας
Η οικογένεια εμφανίστηκε για πρώτη φορά στην αυλή των Καρολιδών στο Νέρντλινγκεν, ως προπάτορας εμφανίζεται σε ένα γενεαλογικό δέντρο (1153) ο Φρειδερίκος (πέθανε το 1075), κατείχε το αξίωμα του κόμη του Παλατινάτου της Σουαβίας. Ο γιος του Φρειδερίκος του Μπύρεν (1020 - 1053) παντρεύτηκε την Χιλντεγκαρντ του Έγκισχαϊμ (πέθανε το 1095), ανεψιά του πάπα Λέων Θ΄. Ο γιος τους Φρειδερίκος Α΄ διορίστηκε Δούκας της Σουαβίας στο κάστρο των Χοενστάουφεν από τον αυτοκράτορα Ερρίκο Δ΄ της δυναστείας των Σαλίων (1079). Την ίδια εποχή ο Φρειδερίκος Α΄ παντρεύτηκε την 17χρονη κόρη του αυτοκράτορα Αγνή του Βάιμπλινγκεν, δεν είναι γνωστό τίποτα σχετικά με την ζωή του Φρειδερίκου πριν από το γεγονός.
Το μόνο βέβαιο είναι ότι ο Φρειδερίκος ήταν σύμμαχος του αυτοκράτορα απέναντι στους αντιπάλους του όπως ο προκάτοχος του Ροδόλφος του Ράινφελντεν και άλλοι λόρδοι από τους Οίκους των Τσέρινγκεν και των Γουέλφων. Ο αδελφός του Φρειδερίκου Όθων ανέβηκε στην επισκοπή του Στρασβούργου (1082). Τον Φρειδερίκο Α΄ διαδέχθηκε ο μεγαλύτερος γιος του Φρειδερίκος Β΄ της Σουαβίας (1105), ο ίδιος και ο μικρότερος αδελφός του Κορράδος Γ΄ της Γερμανίας παρέμειναν πιστοί σύμμαχοι των Σαλίων και αντιπρόσωποι τους στην Ιταλία. Η μεγάλη αλλαγή έγινε όταν ο Φρειδερίκος Β΄ παντρεύτηκε την Ιουδήθ της Βαυαρίας από τον αντίπαλο Οίκο των Γουέλφων.
Αυτοκράτορες
Η βασιλική και αυτοκρατορική γραμμή διαδοχής ξεκίνησε το 1138 όταν ο δεύτερος γιος του Φρειδερίκου Α΄, ο Κορράδος, στέφθηκε βασιλιάς των Γερμανών ως Κορράδος Γ΄. Αυτόν διαδέχθηκε ο υιός του Φρειδερίκου Β' της Σουαβίας, ο Φρειδερίκος Α' βασιλιάς της Γερμανίας ο λεγόμενος Κοκκινογένης (ιταλικά: Μπαρμπαρόσα). Ανέλαβε Βασιλιάς της Ιταλίας και αρχηγός της Γ΄ Σταυροφορίας. Εξ αυτού η γραμμή διαδοχής περιλαμβάνει τους μετέπειτα αυτοκράτορες της Αγίας Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας καθώς και βασιλείς της Ιταλίας: ο υιός του Ερρίκος ΣΤ΄ νυμφεύτηκε τη Κωνσταντία Ωτβίλ, κληρονόμο της Σικελίας (που περιελάμβανε και τη Νάπολη)· έτσι έγινε και βασιλιάς της Σικελίας. Όπως και ο πατέρας του, διατήρησε το θρόνο του με μεγάλη επιτυχία διοίκησης και οικονομικής ανάπτυξης. Στη συνέχεια ο Φρειδερίκος Β΄ Χοενστάουφεν, υιός του προηγουμένου νυμφεύτηκε την Ισαβέλλα Β' ντε Μπριέν της Ιερουσαλήμ· έτσι έγινε και βασιλιάς της Ιερουσαλήμ. Υπήρξε ταυτόχρονα αυτοκράτορας της Αγίας Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας, βασιλιάς της Σικελίας και βασιλιάς της Ιερουσαλήμ.
Στους συνεχείς όμως πολέμους που αναλώθηκε ο Φρειδερίκος Β΄, στη πραγματικότητα περισσότερο με τους Πάπες της Ρώμης, ο Οίκος των Χοενστάουφεν δεν κατάφερε να επικυριαρχήσει, με συνέπεια τελικά να ηττηθεί το 1253. Ο γιος του Φρειδερίκου Β΄, ο Κορράδος Δ΄ (1250-1254), ήταν ο τελευταίος αυτοκράτορας της Γερμανίας από τον Οίκο Χοενστάουφεν.
Ο δεκαπεντάχρονος υιός του Κορράδου Δ', επίσης βασιλιάς της Σικελίας, ο Κορραδίνος, εκτελέστηκε δι' αποκεφαλισμού από τον Κάρολο Α΄ τον Ανδεγαυό το 1268, όταν ο τελευταίος με την υποστήριξη του πάπα επικράτησε, νικώντας τον στη μάχη του Ταλιακότσο στην Ιταλία.