Το 13ο Βαλκανικό πρωτάθλημα κλειστού στίβου 2006 έγινε στις 22 Φεβρουαρίου στο Κλειστό Γυμναστήριο Παιανίας με διοργανωτή τον ΣΕΓΑΣ και την ABAF[1]. Μετείχαν και οι εννιά βαλκανικές χώρες που είναι μέλη της Βαλκανικής Ένωσης Στίβου (ΒΑΑ). Στη βαθμολογία πρώτευσε η Ρουμανία και στους άνδρες και στις γυναίκες. Στις γυναίκες ισοβάθμισε με την Ελλάδα αλλά είχε περισσότερα μετάλλια. Από τη διοργάνωση αυτή αφαιρέθηκαν από το πρόγραμμα τα 200μ ανδρών-γυναικών.