Το Στ΄ Βαλκανικό πρωτάθλημα κλειστού στίβου 1999 έγινε στις 13 Φεβρουαρίου στο Στάδιο Ειρήνης και Φιλίας, με διοργανώτρια πόλη την Αθήνα[1] . Παρά την συμμετοχή πολλών κορυφαίων αθλητών, οι αγώνες διεξήχθησαν σε γενική αδιαφορία, αφού τους παρακολούθησαν μόνο 200 θεατές περίπου αν και ο ΣΕΓΑΣ μοίρασε εκατοντάδες προσκλήσεις. Βαθμολογία δεν υπήρξε. Πολυνίκεις αναδείχθηκαν η Ελλάδα στους άνδρες και η Ρουμανία στις γυναίκες.