Η ΑΕΚ ιδρύθηκε από τους νέους της κοινότητας των Κουκλιών, με στόχο να ενασχολείται η νεολαία με τον αθλητισμό και να μένει μακριά από ναρκωτικά και άλλες κακές συνήθειες. Στην Πάφο δεν υπήρχε τότε αγροτική ομοσπονδία και έτσι η ομάδα έδινε φιλικούς αγώνες με άλλες ομάδες των κοινοτήτων της επαρχίας Πάφου.[3]
Αγροτικές διοργανώσεις
Το 1971 ιδρύθηκε η Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία Αγροτικών Σωματείων Πάφου (ΠΟΑΣΠ). Η ΑΕΚ συμμετείχε στις διοργανώσεις της ομοσπονδίας από το 1973 έως το 2006, κατακτώντας πολλά πρωταθλήματα και κύπελλα. Ο πρώτος προπονητής της ομάδας ο οποίος ανέλαβε το 1968, Πολύκαρπος Αντρέου Καρπής, παρέμεινε στη θέση του έως το 2005.[3]
Ακολουθεί άνοδος στην Α΄ κατηγορία, την αμέσως επόμενη περίοδο, καθώς η ομάδα τερματίζει στη 2η θέση του πρωταθλήματος Β΄ κατηγορίας.[12]
Α΄ κατηγορία
Η ΑΕΚ συμμετείχε στην Α΄ κατηγορία την περίοδο 2013-14, έχοντας αρκετά καλή παρουσία. Αν και η ομάδα τερμάτισε στη 12η θέση και υποβιβάστηκε, είχε παλέψει σχεδόν ως το τέλος του πρωταθλήματος διεκδικώντας την παραμονή της. Μάλιστα, κατόρθωσε να τερματίσει μπροστά από μια παραδοσιακή ομάδα της κατηγορίας, την Ένωσις Νέων Παραλιμνίου. Έδρα της ομάδας την περίοδο αυτή ήταν το Παφιακό Στάδιο, καθώς το Κοινοτικό Στάδιο Κουκλιών δεν πληρούσε τα κριτήρια για αγώνες Α΄ κατηγορίας.[13][14]
Το πρώτο παιχνίδι της ομάδας στην ανώτατη κατηγορία έγινε στις 31 Αυγούστου 2013. Η ΑΕΚ Κουκλιών κέρδισε εντός έδρας την ΑΕΚ Λάρνακας με σκορ 2-1.[15] Την τρίτη αγωνιστική κέρδισε τον Άρη Λεμεσού, πάλι εντός έδρας, με 2-0.[16] Την 7η αγωνιστική κέρδισε εντός έδρας την Αλκή Λάρνακας με 2-1,[17] τη 12η αγωνιστική έφερε εντός έδρας ισοπαλία 2-2 με την ΕΝΠ[18] και τη 15η αγωνιστική κέρδισε εντός έδρας με 2-0 τη Νέα Σαλαμίνα.[19] Τη 18η αγωνιστική κατέκτησε τον πρώτο εκτός έδρας βαθμό της, αποσπώντας ισοπαλία 2-2 από την Ανόρθωση. Μάλιστα, η ΑΕΚ είχε ισοφαριστεί στα τελευταία λεπτά του αγώνα.[20] Την 20η αγωνιστική κέρδισε εκτός έδρας την Αλκή με 3-0,[21] την 21η έφερε ισοπαλία εντός έδρας με τη Δόξα Κατωκοπιάς (0-0)[22] και την 23η αγωνιστική κέρδισε εκτός έδρας τον Εθνικό Άχνας (1-2).[23] Ολοκλήρωσε έτσι την πρώτη φάση του πρωταθλήματος στην 11η θέση με 21 βαθμούς (6 νίκες, 3 ισοπαλίες, 17 ήττες, 27 γκολ υπέρ, 64 γκολ κατά) και συμμετείχε στο Β΄ όμιλο από τον οποίο θα κρίνονταν οι ομάδες που θα διαβαθμίζονταν. Η ΑΕΚ απείχε μόλις 2 βαθμούς από τη 10η θέση που θα διατηρούσε την ομάδα στην κατηγορία.[24]
Ωστόσο, η πορεία της ομάδας στη δεύτερη φάση του πρωταθλήματος δεν ήταν ανάλογη της πρώτης φάσης. Δέχτηκε 8 ήττες και έφερε μόλις 2 ισοπαλίες (1-1 εντός έδρας με Δόξα Κατωκοπιάς[25] και 0-0 εντός έδρας με ΑΕΚ Λάρνακας[26]), με αποτέλεσμα να τερματίσει στην τελευταία θέση του ομίλου (12η του πρωταθλήματος) με 23 βαθμούς (6 νίκες, 5 ισοπαλίες, 25 ήττες, 34 γκολ υπέρ, 94 γκολ κατά) και να υποβιβαστεί.[27][28]
Στο Κύπελλο Κύπρου έφτασε μέχρι τη β΄ φάση (16 ομάδες). Στην πρώτη φάση απέκλεισε την ΑΕΖ Ζακακίου. Στη δεύτερη φάση αντιμετώπισε τον Ερμή Αραδίππου. Ο πρώτος αγώνας έγινε στην έδρα της ΑΕΚ και η ομάδα κέρδισε με 1-0.[29] Ο επαναληπτικός έγινε στην έδρα του αντιπάλου και η ΑΕΚ κέρδισε και πάλι με 1-0, αποτέλεσμα που της έδινε την πρόκριση στην επόμενη φάση.[30] Ωστόσο, ο Ερμής υπέβαλλε ένταση κατά του κύρους του αγώνα λόγω αντικανονικής συμμετοχής τριών ποδοσφαιριστών της ΑΕΚ και η δικαστική επιτροπή της ΚΟΠ κατακύρωσε τον αγώνα με 3-0 υπέρ του Ερμή, με αποτέλεσμα η ΑΕΚ να χάσει την πρόκριση.[31] Ο Ερμής έφτασε μέχρι τον τελικό αλλά έχασε το τρόπαιο.[32]
Πάφος FC
Με το τέλος του πρωταθλήματος άρχισαν συζητήσεις με τους παράγοντες της Αθλητικής Ένωσης Πάφου (ΑΕΠ) για ενοποίηση των δύο σωματείων.
Η προσπάθεια προνοούσε:
α) τη διάλυση της ΑΕΠ, η οποία λόγω χρεών δεχόταν συνεχώς αφαιρέσεις βαθμών και είχε υποβιβαστεί στο Β2 όμιλο της Β΄ κατηγορίας με κίνδυνο να δεχθεί και περαιτέρω υποβιβασμούς.[33][34][35] Δεν έγινε προσπάθεια τυπικής ενοποίησης των δύο ομάδων, καθώς έτσι θα μεταφέρονταν και τα χρέη της ΑΕΠ στη νέα ομάδα, πράγμα που δεν ήθελαν οι παράγοντες των δύο ομάδων.[36] Τα περιουσιακά στοιχεία της ΑΕΠ (βοηθητικά γήπεδα, οίκημα) θα μεταβιβάζονταν στη νέα ομάδα.[37]
β) τη μετονομασία της ΑΕΚ Κουκλιών σε Πάφος FC (με την ενσωμάτωση της ΑΕΠ), ώστε να αποτελεί ομάδα όλης της πόλης και επαρχίας Πάφου και να υποστηριχτεί από φιλάθλους και παράγοντες της ΑΕΠ και γενικότερα της Πάφου.[33]
Στις 2014-06-09, κάθε ομάδα σε ξεχωριστή γενική συνέλευση ενέκρινε τα πιο πάνω[35][38][39] και στις 2014-06-10, στο οίκημα της ΑΕΠ, έγινε η πρώτη συγκέντρωση των φίλων της νέας ομάδας, στην παρουσία πολιτικών και ποδοσφαιρικών παραγόντων της Πάφου,[40] με τον πρόεδρο της ΑΕΚ Κουκλιών, Χριστάκη Κάΐζερ, να αναλαμβάνει πρόεδρος της Πάφος FC.Το 2021 η ομάδα επαναλειτούργησε και συμμετέχει στις διοργανώσεις της (ΠΟΑΣΠ)
Πορεία στο χρόνο
Ο πίνακας που ακολουθεί παρουσιάζει την πορεία της ομάδας στις διοργανώσεις της ΚΟΠ.
Η πορεία της ΑΕΚ Κουκλιών στις διοργανώσεις της ΚΟΠ.