Der Vorname Xaver spaltete sich im Laufe der Zeit als eigenständiger Vorname aus dem Herkunftsnamen des als Heiligen verehrten Franz Xaver (in besagtem Sinne eigentlich: Franz von Xavier) ab. Dieser verwendete (wie seinerzeit oft üblich) als Familiennamen den Namen seiner Geburtsstätte Burg Javier in der spanischen Provinz Navarra.
Der Name des Schlosses und der dazugehörigen Gemeinde ist baskischen Ursprungs (aus bask. etxe ‚Haus‘ und berri ‚neu‘; also ‚Neuhaus‘). Im 16. Jahrhundert wurde der Name noch Xavier geschrieben, aber [ʃa'βjɛr], später [χa'βjɛr] ausgesprochen. Diese ältere Schreibung mit dem anlautenden X- wurde ins Deutsche übernommen, ohne dass man jedoch auch die alt-spanischen Aussprachen übernommen hätte; das X- des fremden Namens wird demnach so ausgesprochen wie ein einheimisches deutsches X.
Da der heilige Franz (von) Xaver wie Ignatius von Loyola ein typischer Heiliger der Gegenreformation ist, wurde der Doppel-Vorname Franz-Xaver lange Zeit nur von Katholiken verwendet.
