Nach seiner Habilitation 1887 (im Fach Alte Geschichte) vergingen neun Jahre, bis er 1896 auf den Lehrstuhl für Alte Geschichte an der Universität Graz berufen wurde. Ein Jahr später wechselte er nach Wien als Kustos des kaiserlichen Münzkabinetts im Kunsthistorischen Museum und nahm neben dieser Tätigkeit einen Lehrauftrag für römische Altertumskunde, Epigraphik und Numismatik an der Wiener Universität wahr. 1903 wurde Kubitschek Leiter der Zentralkommission für Erforschung und Erhaltung der Kunst- und historischen Denkmale ernannt und übernahm die Redaktion von deren Jahrbuch und Mitteilungsblättern. Schon im nächsten Jahr erfolgte die Ernennung zum Generalkonservator der antiken Denkmäler Österreichs. Sein Lehrauftrag wurde 1905 in eine außerordentliche Professur umgewandelt. Von 1910 bis 1916 war er Direktor der kaiserlichen Münzen- und Medaillensammlung. Nachdem Eugen Bormann 1916 emeritiert wurde, erhielt Kubitschek als dessen Nachfolger den Lehrstuhl für Alte Geschichte. Er wurde 1929 emeritiert.
Kubitschek beschäftigte sich seit seiner Dissertation mit den römischen Tribus und verfasste das für diesen Forschungsbereich grundlegende Werk Imperium Romanum tributim discriptum (Prag 1889). Auf seinen Reisen sammelte und edierte er zahlreiche Inschriften. Außerdem beschäftigte er sich mit den Stätten des östlichen Mittelmeerraumes und der antiken Chronologie: So verfasste er den Grundriss der antiken Chronologie im Handbuch der Altertumswissenschaft. Kubitschek war außerdem ein herausragender Kenner der Numismatik und leistete wichtige Beiträge zur Erforschung des römischen Wien.
Zur Geschichte von Städten des römischen Kaiserreiches. 1 epigraphisch-numismatische Studien, Wien 1916 (Digitalisat).
Archäologische Studien des Joh. Chr. v. Scheyb. In: Monatsblatt des Vereines für Landeskunde von Niederösterreich. Bd. 17 (1918), Heft 7–9, Juli–September 1918, S. 109–119 (Digitalisat).
Martha Fingernagel-Grüll: Zur Geschichte der österreichischen Denkmalpflege. Die Ära Helfert, Teil II: 1892-1910, hg. v. Bundesdenkmalamt Wien (= Studien zu Denkmalschutz und Denkmalpflege. Band XXV,2). Böhlau Verlag, Wien/Köln/Weimar 2020, ISBN 978-3-205-21015-3, S. 195‒200 (Auszug bei google-books).