Als Wissenschaftler befasste sich Ebner-Rofenstein mit der mikroskopischen Analyse der verschiedenen menschlichen Gewebe, wie dem Bindegewebe, den Muskelfasern, Knochen und Zähnen. Er erreichte die Loslösung der Histologie von der Anatomie und Physiologie sowie deren Anerkennung als selbständiges Prüfungsfach in der neuen Studienordnung von 1903. Er beschäftigte sich mit zahlreichen histologischen und zoologischen Fragestellungen. Ihm gelang es erstmals, die Sertoli-Zellen von den Spermatogonien im Hoden abzugrenzen. Die seromuköse Drüsenendstücke mit ihren halbmondförmigen Endkappen werden nach ihm als Giannuzzi-Ebnersche-Halbmonde, die Spüldrüsen in den Geschmacksknospen als Ebnersche Spüldrüsen, die Anlagerungslinien zwischen Dentin und Zahnzement als Ebner-Linien bezeichnet.
Untersuchungen über den Bau der Samencanälchen und die Entwicklung der Spermatozoiden. Leipzig 1871.
Die acinösen Drüsen der Zunge. Graz 1873.
Über den feineren Bau der Knochensubstanz. Sitzungsbericht der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften. Mathematisch-naturwissenschaftliche Classe, 1875.
Mikroskopische Studien über Wachsthum und Wechsel der Haare. Sitzungsbericht der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften. Mathematisch-naturwissenschaftliche Classe, 1876.
Untersuchungen über die Ursachen der Anisotropie organisierter Substanzen. Leipzig 1882.
Über den feineren Bau der Skelettheile der Kalkschwämme. Sitzungsbericht der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften. Mathematisch-naturwissenschaftliche Classe, 1887.
Histologie der Zähne. In: Julius Scheff (1846–1922): Handbuch der Zahnheilkunde. Leipzig / Wien 1890.
Über den Bau der Chorda dorsalis der Fische. Sitzungsbericht der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften. Mathematisch-naturwissenschaftliche Classe, 1896.
Albert von Kölliker (Hrsg.): Handbuch der Gewebelehre. Band 3, 6. Auflage, 1889–1892.
Literatur
J. Schaeffer: Victor von Ebner zum Gedächtnis.Anatomischer Anzeiger 62 (1927), S. 1 ff.
Felix Czeike: Historisches Lexikon Wien, Bd. 2, Kremayr & Scheriau, Wien 1993.
Reinhard Hildebrand: Rudolf Albert Koelliker und seine wissenschaftlichen Kontakte zum Ausland. Würzburger medizinhistorische Mitteilungen 2 (1984), S. 101–115; hier: S. 110.